В следующем году он получил от историко-филологического факультета командировку на время летних каникул в Олонецкую губернию для изучения местных говоров и фольклора. Поездка была очень плодотворна.

В декабре 1884 года Шахматов подготовил к печати свое «Исследование о языке новгородских грамот XIII и XIV века».

По предложению академика И. В. Ягича, с которым Шахматов познакомился в 1881 году, труд этот был напечатан в «Сборнике Отделения русского языка и словесности Академии наук».

В 1887 году Шахматов окончил университет со степенью кандидата.

В 1890 году, выдержав магистерские экзамены, он получил звание приват-доцента и начал было читать лекции. Но «в связи с некоторыми душевными переживаниями» (как он пишет в автобиографии) решил оставить Москву и взял место земского начальника в Саратовской губернии летом 1891 года.

1891 год ознаменовался в России страшным бедствием – голодом, а потом и холерой, продолжавшимися до нового урожая 1892 года. Шахматов принял деятельное участие в помощи населению.

В 1892–1893 годах Шахматов написал диссертацию на степень магистра «Исследования в области русской фонетики». Защитил он ее 12 марта 1894 года. Факультет присудил ему степень доктора русского языка и словесности (минуя магистерскую степень).

В следующем году Шахматов был избран адъюнктом Академии наук и переехал в Петербург. Через три года он был избран экстраординарным академиком, а в 1898 году – ординарным.

Что касается его личной жизни – в 1896 году он женился на Наталии Александровне Градовской (дочери профессора Градовского).

В жизни Академии наук Шахматов принял деятельное участие. Работал он и в различных комиссиях при академии, в том числе в комиссии об отмене стеснений для печатания книг и журналов на малорусском (украинском) языке (1911) и в комиссии по вопросу об упрощении русской орфографии (1917).

В 1910 году Шахматов был избран сверхштатным ординарным профессором Петербургского университета. При всем том он все время усиленно продолжал свою собственную научную работу, писал и крупные труды, и детальные исследования по специальным вопросам.

Научное наследие Шахматова богато и многообразно. Здесь я могу только кратко указать его важнейшие труды.

Их можно разделить на два отдела – лингвистические труды (историческая фонетика) и исследования о составе древнерусских летописей и истории летописания.

В связи с этим стоит отметить его интерес к исторической этнографии. Он первый стал читать курс исторической этнографии Восточной Европы и истории русской географии (расселение и племенные передвижения русских славян, колонизацию и диалектологию).