В религиозной политике главной целью Якова II было улучшение положения католиков в Британии и Ирландии. Помимо личных убеждений в данном случае у короля также имелся политический расчет. Во время Английской революции середины XVII в. католики показали себя наиболее твердыми сторонниками монархии, и Яков II рассматривал их в качестве фракции британского общества, на которую он мог твердо положиться. Но в конце XVII в. католическая община была слишком малочисленна, чтобы послужить надежной опорой короне, поэтому с приходом к власти Яков II начал искать новых союзников. В первой половине своего правления он пытался создать союз католиков и «высоких тори», которых король рассматривал в качестве второй наиболее надежной опоры своей власти, поскольку торийская партия помогла ему преодолеть «исключительный кризис» 1679–1681 гг. и фактически привела к власти в 1685 г. Однако в 1687 г. Яков II вынужден был резко сменить курс. С одной стороны, он убедился в том, что англикане не пойдут на союз с католиками, и, более того, именно государственная церковь является главным препятствием на пути усиления позиций его единоверцев в Британии. С другой стороны, король, во многом под влиянием своих вигских советников, решил сделать ставку не на социальные слои, связанные с земельными интересами, а на новые коммерческие круги. Объявление королем политики всеобщей веротерпимости фактически означало объединение вокруг монарха всех противников государственной церкви — как католиков, так и протестантских нонконформистов.

В 1687–1688 гг. основной линией короля стала постепенная ликвидация привилегированного положения англиканской церкви во всех областях общественной жизни: духовной сфере, образовании, управлении, судопроизводстве. Огромное значение Яков II придавал созыву парламента, который должен был отменить карательные законы и «Тест-Акты». Британские политики опасались, что отмена этих законов позволит Якову II создать новую (альтернативную) элиту, опираясь на которую король постепенно оттеснит от власти всех, кто препятствовал его реформам. В условиях общественной истерии 1680-х гг. религиозная политика Якова II была негативно воспринята широкими слоями населения, что умело использовала оппозиция, интерпретировав ее как стремление короны добиться полного восстановления на Британских островах былых позиций католической церкви и, в конечном счете, уничтожения результатов Реформации. В умах современников Якова II тенденция к централизации власти и реставрация католицизма были лишь двумя сторонами одного процесса — создания католического абсолютистского государства, ярким примером которого для британцев того времени выступала французская монархия Людовика XIV.