Вечером 27 декабря под руководством заместителя главы ПГУ КГБ генерал-лейтенанта В. А. Кирпиченко, начальника Оперативной группы Штаба ВДВ генерал-лейтенанта Н. Н. Гуськова и руководителей двух спецгрупп ГРУ и КГБ полковника В. В. Колесника и генерал-майора Ю. И. Дроздова была проведена спецоперация «Шторм-333». В ходе этой операции, в которой приняли участие бойцы 154-го «мусульманского» батальона майора Х. Т.Холбаева и спецгрупп «Гром» и «Зенит» во главе с полковником Г. И. Бояриновым и подполковником М. М. Романовым, штурмом была взята главная резиденция X. Амина — дворец «Тадж-Бек», — а сам он сразу ликвидирован. Одновременно в самом Кабуле силами 103-й гв. воздушно-десантной дивизии, а также 317-го и 350-го гв. парашютно-десантных полков были взяты под контроль здания ЦК НДПА, МВД, Министерства обороны, Главного штаба ВВС и ряда других госучреждений. Тогда же из Баграма в Кабул под усиленной охраной чекистов и десантников прибыл новый афганский лидер Бабрак Кармаль, который сразу выступил с обращением к афганскому народу и провозгласил начало «нового этапа Саурской революции». Тогда же из Москвы в Кабул «полетела» специальная записка «О некоторых сторонах дальнейшей работы в НДПА после событий 27 декабря 1979 г.», где ЦК КПСС прямо призывал самого Б. Кармаля к прекращению внутрипартийной фракционной борьбы, к отказу от порочной политики репрессий, «направленных против мелкой и средней буржуазии и духовенства», и к активному «использованию политических методов для подавления волнений и восстаний»[1105].

После первого этапа ввода советских войск, который в целом прошел более чем успешно, началась передислокация остальных воинских подразделений. В итоге уже к апрелю 1980 года 40-я армия была полностью укомплектована, и теперь в ее состав входили 5-я гв., 108-я и 201-я мотострелковые и 103-я гв. воздушно-десантная дивизии, 56-я отдельная гв. десантно-штурмовая бригада, 66-я и 70-я отдельные мотострелковые гв. бригады, 353-я гв. артиллерийская бригада, 2-я отдельная зенитно-ракетная бригада, 59-я бригада материального обеспечения и 159-я отдельная дорожно-строительная бригада, а также 345-й отдельный гв. парашютно-десантный, 28-й артиллерийский, 191-й и 860-й отдельные мотострелковые, 254-й отдельный радиотехнический и 45-й отдельный инженерно-саперный полки и 103-й отдельный полк связи. Кроме того, в состав 40-й армии вошел 34-й смешанный авиакорпус в составе семи авиаполков. Общая численность советских войск в Афганистане на тот момент составила 81 тыс. военнослужащих, на вооружении которых находилось более 3 тыс. единиц бронетехники, 900 орудий и минометов, более 100 вертолетов и около 100 истребителей, штурмовиков и бомбардировщиков.