Есть и символика, которую можно трактовать в широком эзотерическом смысле. Так, лестница обозначает путь к познанию. Перевернутая воронка – мошенничество или ложную мудрость. Ключ – также символ познания. Отрезанная нога – символ ереси. Стрела – символ зла. Любопытно, что у Босха стрела иногда воткнута в шляпу, иногда протыкает тело персонажа, а иногда торчит из ануса полуголого человека (последнее, вероятно, указывает на понятие «испорченности»).

А на что указывают изображения животных, которые у Босха встречаются в таком количестве? Скажем, сову принято считать символом мудрости, но у Босха она встречается в контексте, например, коварства и греха. Поэтому логично предположить, что сова, хищная и ночная птица, символизирует темную сторону человеческой природы. То же символизируют и черные птицы, которые тоже присутствуют на полотнах художника.

В Средневековье в ходу были так называемые бестиарии: каждое животное символизировало какую-либо сферу или понятие. Некоторые животные с христианской точки зрения считались «нечистыми»: например свинья, лошадь, верблюд, заяц, аист. Жаба считалась безусловно «дьявольским» животным и в алхимии символизировала серу, которая в религии ассоциируется с преисподней.

На картинах Босха в достаточном количестве встречаются сухие деревья и скелеты животных. Это не что иное как символы смерти.

Американская исследовательница, автор книги «Тайная ересь Иеронима Босха» (2014) Линда Харрис считает, что живописец обладал так называемым визионерским (пророческим) даром. Так, картины Страшного Суда она соотносит с войнами и катаклизмами современной эпохи. Харрис упоминает о картине Джорджоне «Три философа» (ок. 1509), на которой сам автор изображен рядом с Леонардо да Винчи и Иеронимом Босхом. Всем троим живописцам приписывали провидческие способности.

Еще одна тайна связана с могилой художника. Останки его были захоронены в приделе храма Св. Иоанна, который он некогда расписывал. В 1977 г. захоронение вскрыли археологи, и выяснилось, что внутри пусто! По словам руководителя раскопок Ханса Гаальфе, странным выглядел и плоский камень, не похожий на гранит или мрамор, который в те времена обычно использовали для надгробий. Когда осколок камня поместили под микроскоп, тот безо всякого воздействия начал испускать слабое свечение и нагрелся на три с лишним градуса.

Продолжить исследования захоронения не дала церковь: она восприняла эти манипуляции как осквернение могилы знаменитого художника…

В храме Св. Иоанна можно увидеть надгробную плиту с написанным на нем именем Иеронима Босха и годами его жизни, а над ней – фреску, изображающую распятие, окруженное странным зеленоватым светом…