Разозлившись на султана Кутуза, отказавшегося наградить его за отважные действия в бою под Алеппо, Бейбарс попросту зарезал хозяина и сам занял султанский трон. И тут же продемонстрировал свои способности правителя, начав, как опытный военный, с восстановления разрушенных монголами крепостей и обновления египетского флота. А немного времени спустя изгнал из своих владений ассасинов и, подобно мудрому Саладину, объединил под своей властью Сирию и Египет.

Поначалу заморские латиняне не вполне оценили значимость победы мамлюков у деревни Айн-Джалут для установления равновесия сил в регионе. В феврале 1261 года Жан д’Ибелен и маршал Иерусалимского королевства Жан Гибелийский повели отряд из 900 рыцарей, 1500 туркополов и 3000 пехотинцев на усмирение кочевых туркменских племен, занимавшихся мародерством. Однако поход вышел неудачным: отряд латинян был разбит, и среди немногих, кому удалось спастись, оказался маршал тамплиеров Этьен де Сисси. Последующие переговоры с Бейбарсом об освобождении христиан из плена зашли в тупик, поскольку тамплиеры и госпитальеры отказались отпустить на волю свою часть пленников-мусульман.

Расценив подобное поведение как невероятную алчность, Бейбарс разграбил Назарет и устроил нападение на Акру. В бою с местным гарнизоном, оборонявшим город, он ранил сенешаля Жоффруа де Сержина. Поскольку монголы по-прежнему угрожали ему с севера, Бейбарс пока не мог отважиться на осаду Акры, но и латиняне не сумели воспрепятствовать продвижению его войск из Египта в Палестину. О любой передислокации франкских сил мусульмане тут же узнавали благодаря голубиной почте. В начале 1265 года армия Бей-барса внезапно появилась под стенами Кесарии, которая недавно была укреплена по приказу Людовика IX. Город капитулировал 27 февраля, а замок — неделей позже. Спустя несколько дней была захвачена и Хайфа; все, кто не успел покинуть город, были зарезаны сарацинами.

Следующей целью Бейбарса стал тамплиерский замок Паломника. Но в то время как сам город был довольно быстро взят и сожжен, замок оказался неприступен. Тогда Бей-барс повернул войска на крепость госпитальеров в Арсуфе. После того как стенобитные машины египтян сделали в стене замка пролом, а из 270 госпитальеров в живых осталось меньше трети, гарнизон принял условия капитуляции, которые гарантировали свободу всем уцелевшим в бою. Но коварный Бейбарс, нарушив эту договоренность, захватил этих рыцарей в плен.

В июне 1266 года Бейбарс осадил самый мощный замок тамплиеров в Сафете. Его массивные укрепления, совсем недавно отремонтированные и усиленные, легко выдержали первый натиск сарацин. Однако из-за больших размеров цитадели для ее защиты были привлечены сирийские христиане — и Бейбарс обещал сохранить им жизнь, если они сдадутся. Не рассчитывая на помощь со стороны и понимая, что солдаты-туркополы готовы дезертировать, командовавший гарнизоном тамплиер поручил вести переговоры о сдаче сирийскому сержанту по имени Леон Казеляр. Тот вернулся и сообщил, что Бейбарс разрешает осажденным беспрепятственно покинуть замок и перейти в Акру. Но на самом деле спасся только Казеляр. Как только египтяне овладели замком, они обезглавили всех тамплиеров, а женщин и детей продали в рабство на каирском невольничьем рынке.