К исходу ночи 18 мая почти вся Акра уже была в руках мусульман, за исключением замка тамплиеров на побережье, за массивными стенами которого оборону держали уцелевшие рыцари во главе с маршалом Пьером де Севри и группа горожан. Часть возвратившихся с Кипра галер доставила оборонявшимся продовольствие и воду, поэтому они могли выдержать длительную осаду. Поняв это, аль-Ашраф вынужден был пойти на переговоры. По соглашению, тамплиеры и все бойцы из их команды могли покинуть замок и беспрепятственно перейти на суда, захватив казну и имущество. Однако эмир, которому с сотней мамлюков поручили проконтролировать выполнение соглашения, тут же изъял у горожан их имущество и дал приказ обыскать женщин и детей. Разгневанные тамплиеры набросились на мамлюков и уничтожили их, затем в клочья разорвали султанский штандарт, который те укрепили на башне замка.

Той же ночью под покровом темноты командор храмовников Тибо Годен по приказу маршала Пьера де Севри погрузил на корабль всю казну ордена Храма и вместе с группой беженцев-христиан отплыл в Сидон, удерживаемый тамплиерами. На следующий день султан аль-Ашраф потребовал продолжить переговоры об условиях капитуляции тамплиеров. Получив гарантии безопасности, маршал Пьер де Севри с небольшой группой рыцарей отправился на переговоры. Но как только они вошли в султанский шатер, их схватили и обезглавили. Оставшиеся в замке тамплиеры заперли ворота, ожидая сарацинской атаки. В конце мая мусульманам удалось подорвать часть стены вблизи крепостных ворот, и мамлюки ворвались в образовавшийся пролом. Последние защитники крепости погибли в жестокой схватке, и Акра окончательно пала.

В Сидоне Тибо Годена избрали Великим магистром вместо погибшего Гильома де Боже; это был храбрый и опытный воин, прослуживший около тридцати лет на Святой земле — вначале в качестве туркопола, а затем командора Акры. Спустя месяц после падения Акры и под стенами Сидона появилась мамлюкская кавалерия, поэтому он перевел тамплиеров в укрепленный замок на берегу. К тому времени под ударами египтян уже пал Тир, а захваченная мамлюками Акра по приказу султана намеренно разрушалась. Например, портал церкви Святого Андрея был выломан и перевезен в Каир в качестве символа блестящей победы аль-Ашрафа.

Готовый продолжать сопротивление, Тибо Годен отправился на Кипр, прихватив и тамплиерскую казну. Однако он так и не вернулся в Заморье. Кипрские братья советовали ему оставить Сидон, и, поняв, что сарацины строят плотину, храмовники покинули замок, погрузились на корабли и отплыли в Тортозу. 30 июля капитулировала Хайфа, а днем позже — Бейрут, стены которого были полностью снесены, а кафедральный собор превращен в мечеть. Тортозу пришлось эвакуировать 3 августа, а спустя одиннадцать дней тамплиеры покинули и самую мощную цитадель — неприступный замок Паломника. У них остался лишь гарнизон на островке Руад, что в двух милях от Тортозы.