Дабы инквизиторы успешно проводили расследование антицерковных выступлений и заговоров, за пол века до описываемых событий папа Иннокентий IV официально разрешил применять пытки, которые полагалось прекращать при появлении крови. Распространенными пыточными устройствами в те времена были козлы, на которых человека растягивали, пока кости не начинали трещать, а также дыба — обвиняемого подвешивали на веревке, перекинутой через брус, за связанные за спиной руки. Третий способ пытки был такой: бедняге смазывали ноги салом и засовывали их в костер. Иногда подобные пытки заканчивались трагически: капеллана тамплиеров из города Альби пытали огнем, и его кости загорелись и обуглились. Свидетель тех событий рыцарь-храмовник Жак Соси сообщает о двадцати пяти своих братьях, погибших после перенесенных страданий, а в анонимном письме, найденном в библиотеке колледжа «Corpus Christi» («Тело Христа»), упоминаются еще тридцать четыре жертвы инквизиции.

Помимо таких зверских пыток, сопровождающихся безумной болью, подозреваемых заковывали в кандалы, сажали на хлеб и воду и не давали сутками спать. Поскольку большинство арестованных вовсе не были закаленными в боях воинами, а всего лишь пахарями, пастухами, мельниками, кузнецами, плотниками и управляющими, испытанные страдания и непонимание причин происходящего вынуждали их давать показания, нужные инквизиторам и королевским чиновникам. К январю 1308 года 134 из 138 схваченных в Париже тамплиеров в той или иной степени признали все выдвинутые против них обвинения. Даже сам Великий магистр уже через десять дней после ареста сделал все признания, которых от него добивались.

Что же это за «странные и неслыханные преступления», в коих обвиняли тамплиеров и которые «жутко не только вообразить, но страшно даже слышать… столь мерзкие и отвратительно позорные дела, которые выходят за пределы человеческих понятий, по сути являясь абсолютно бесчеловечными»? По словам королевских прокуроров, орден Храма состоял на службе у самого дьявола. Каждого новобранца будто бы принуждали во время инициации (процедуры вступления) заявлять вслух, что Иисус Христос является лжепророком, которого распяли не во искупление людских грехов, а в наказание за собственные преступления. Вступающему в орден полагалось отречься от Христа и плюнуть или помочиться на распятие, а затем поцеловать рыцаря, который принимал клятву у новобранца, в рот, пупок, ягодицы, копчик, а «иногда и в пенис». После этого сообщали, что ему не просто «дозволяется вступать с братьями в половые отношения», а предлагается всячески «стремиться к подобным братским связям по взаимному согласию», но что это «для них не считается грехом».