Неудивительно, что, когда расследование все-таки началось, защиту Бонифация VIII взял на себя сам Климент V: он воззвал к благочестию короля Филиппа, говорил о его преданности делу церкви, которую тот неоднократно проявлял. После этого папа разрешил продолжить расследование, но, умело используя доскональное знание римского права, искусно затянул процесс — то скрупулезно требуя многочисленных письменных материалов по делу, то просто откладывая слушания, как, например, в декабре 1310 года из-за приступов желудочной болезни.

До его выздоровления консультации по делу Бонифация продолжались вне зала суда. В результате папа и французский король нашли компромиссный вариант: Климент V признавал, что скандальное нападение на покойного понтифика в Ананьи — просто недоразумение, ведь королевские посланцы во главе с Ногаре хотели всего лишь пригласить папу на заседание Генеральных штатов. А сам факт насилия в отношении Бонифация VIII объясняется неприязнью его личных врагов из Папской области. При этом была подчеркнута почетная роль короля Филиппа — «стойкого борца за веру» и «защитника католической церкви». В ответ на это Климент отозвал все папские указы с критикой Филиппа и его приближенных. Гильом Ногаре получил папское прощение в обмен на обязательство отправиться в крестовый поход, а также посетить некоторые святыни во Франции и Испании. Филипп Красивый пошел еще дальше — он объявил о согласии с любым решением, которое примет Климент V по делу его предшественника Бонифация VIII.

Достигнутый компромисс вызвал негативную реакцию в Европе. Данте Алигьери представил эту историю как пример откровенного проституирования Папской курии французским королем. Посол Арагона при папском дворе писал своему монарху, что «Филипп теперь стал королем, папой и императором одновременно». Широко распространился слух, будто отпущение грехов Гильому Ногаре стоило королю Филиппу сто тысяч флоринов. Однако, по мнению современных историков, поведение папы Климента V в деле Бонифация VIII не столько заслуживает критики, сколько позволяет ясно понять, что на самом деле папа одержал политическую победу. Фактически единственный компромисс, на который он согласился, — формальное одобрение действий французского короля. Однако это решение носило чисто умозрительный характер и легко могло быть пересмотрено. Столь же обдуманно Климент поступил и в отношении «папы-отшельника» Целестина V, который был канонизирован в 1313 году, но лишь как праведник и под светским именем — как святой Пьетро де Морроне, а не как мученик, на чем настаивал король Филипп.