Сочинения Галена раскрывают перед нами историческую реальность, в которой анатомическое вскрытие является единственно возможным методом доказательства в медицине. Тщательные практические наблюдения, в основе которых лежит методология протонаучного эксперимента, служат источником для формирования систематики заболеваний[3]. Использование понятий «протонаучный эксперимент» или «экспериментальная практика рациональной медицины Античности» позволяет историкам науки отказаться от уничижительных оценок античной медицины и избежать некорректной экстраполяции реалий современной практики на исследования того периода.

Развивая традиции медицины Гиппократа (учение об индивидуальном подходе к выбору тактики диагностики и лечения пациента, внимание к внешним патогенным факторам и др.), Гален создал учение об общей патологии, объясняющее принципы и механизмы развития заболеваний с позиций телеологии, и сформулировал методологические основы этого подхода. Общее представление о «физике», а говоря на языке современной медицины, — физиологии человеческого тела и принципах общей патологии, развиваемое Галеном, основано на понимании человеческого организма как соразмерной комбинации компонентов трех тетрад: первоэлементов, жидкостей и сущностей. Гален обращает внимание на важность целостности медицинской систематики: из представления о видах и причинах возникновения заболеваний следуют их классификация и трактовка отдельных симптомов, т. е. внешних проявлений болезни.

В своей клинической практике Гален использовал методы доказательства, предложенные Аристотелем. Для достижения истины одной формальной логической «правильности» мало, требуется истинность посылок. Природная, видимая вещь условна, изменяема и конечна; на основе единичной вещи невозможно установить истину. Для методов познания в медицине это имеет сущностное значение: на основе одного, пусть даже ярко выраженного, симптома нельзя определить причину болезни. Также одного наблюдения недостаточно для того, чтобы составить представление о нозологической форме и сделать значимые клинические обобщения. Вместе с тем в своих текстах Гален использует диалектику как инструмент изучения, представляющий собой нечто «среднее» между обычным спором и философским исследованием. Владение диалектическим методом предполагает выработку некой общей способности — решать затруднения, возникающие в ходе исследования. Так, в трактате «Об учениях Гиппократа и Платона» Гален полемизирует со стоиками, демонстрируя как прекрасное владение риторикой, так и блестящее использование строгого доказательства для обоснования своей позиции.