Тема гонений на христиан в странах, составляющих каноническую территорию Александрийского Патриархата, стала основной на переговорах в ходе визита в Русскую Православную Церковь Патриарха Феодора II в январе 2012 года и во время празднования 1025-летия Крещения Руси в 2013 году.

В августе 2015 года Патриарх Александрийский Феодор II по приглашению Святейшего Патриарха Кирилла совершил паломническую поездку в Россию, посетив Екатеринбургскую и Иркутскую епархии, а также Соловки. На встрече двух Предстоятелей в Москве обсуждались различные вопросы общеправославного сотрудничества, в том числе тема положения христиан в различных регионах мира.

Делегации Александрийской Православной Церкви во главе с Патриархом Феодором посещали Москву в ноябре 2016 года для участия в праздновании 70-летия Святейшего Патриарха Кирилла и в декабре 2017 года для участия в торжествах по случаю 100-летия восстановления патриаршества в Русской Церкви. В последнем случае Патриарх Феодор II также посетил Санкт-Петербург и Екатеринбург.

Патриарх Феодор II в сослужении митрополита Киевского Владимира на Божественной литургии в Свято— Троицком греческом соборе Одессы. 2018 г.

27 сентября 2018 года Патриарх Феодор II прибыл в Одессу в связи с празднованием 80-летия митрополита Одесского и Измаильского Агафангела. Обращаясь к православным верующим Украины, Предстоятель Александрийского Патриархата призвал их оставаться верными канонической Церкви: «Я прибыл сюда, чтобы вам сказать: оставайтесь в православной вере, в канонической Церкви, — сказал Блаженнейший Патриарх. — Апостол Петр в первом веке увидел разорванный хитон Христа. Этот хитон был столько лет окровавлен. И этот хитон надо держать в своих сердцах. В истории нашей Церкви были очень тяжелые времена. В эти тяжелые дни в Украине есть каноническая Церковь, которую возглавляет Блаженнейший митрополит Киевский и всея Украины Онуфрий — благословенный человек от Бога и настоящий монах»[620].

28 сентября Патриарх Феодор II в сослужении иерархов Александрийского Патриархата, Украинской Православной Церкви и Православной Церкви Молдовы совершил Божественную литургию в Свято-Троицком греческом соборе Одессы, где с 1985 по 1990 годы служил в качестве представителя Александрийского Патриаршего престола.