1891 год был последним годом в земной жизни старца. Все лето этого года он провел в своей любимой обители, как бы спеша закончить и устроить там все незаконченное. Он ясно сознавал приближение своей кончины, и это видно было из всех его слов, из всех распоряжений. Многое объяснилось уже только после его кончины. Приехав в Шамордино в начале лета, старец задержался там по разным обстоятельствам. Шли спешные работы, по которым требовались указания. Новая настоятельница, игуменья Евфросинья, нуждалась в руководстве. Старец, повинуясь распоряжениям консистории, неоднократно назначал дни своего отъезда, но ухудшение здоровья, наступавшая слабость заставляли его откладывать свой отъезд. Так протянулось дело до осени, и всем стало ясно, что старец останется и на зиму в Шамордине. Стали приготовлять для него зимнее помещение. Сестры радовались, что старец не покинет их. Между тем из Калуги шли все более и более настойчивые требования о возвращении старца в скит. Наконец было получено известие, что сам преосвященный, недовольный медлительностью старца, собирается приехать в Шамордино и увезти о. Амвросия в Оптину Пустынь. Обиженные за старца сестры сильно волновались. Один старец оставался спокоен и благодушен. Осеннее время неблагоприятно отразилось на здоровье старца. Он простудился и, наконец, перестал вставать с постели. Это была его последняя, предсмертная болезнь. Не сознававшие опасности положения старца сестры, встревоженные вестями о приезде архиерея, спрашивали старца: “Как мы будем встречать владыку, если он приедет к нам?” Старец отвечал: “Мы пропоем ему — со святыми упокой!”

Наконец в Шамордине получено было известие, что владыка выехал из Калуги. А старец слабел все более и более. И вот — едва преосвященный успел проехать половину пути до Шамордина и остановился ночевать в Перемышльском монастыре, и сидел вечером за чаем с настоятелем монастыря, как ему подали телеграмму, извещающую его о кончине старца. Преосвященный изменился в лице и, подавая телеграмму настоятелю, смущенно сказал: “Что же это значит?” Был вечер десятого октября.

Преосвященному советовали на другой день вернуться в Калугу, но он ответил: “Нет, вероятно, такова уж воля Божия! Простых иеромонахов архиереи не отпевают, но это особенный иеромонах — я хочу сам совершить отпевание старца!” Прибыв в Шамордино, владыка направился прямо в церковь, где уже находилось тело старца. Шла панихида. Когда владыка вступил в храм, певчие пели: “Со святыми упокой”... Сестры вспомнили пророчество старца, и громкие рыдания огласили церковь.