Бхагаван считал д-ра Кришнамурти профессионалом. Он всегда консультировался с ним, прежде чем принять лекарство, даже если его прописал другой врач. Таким была его безусловная вера в своего преданного. Но к Кришнамурти больше не обращались, так как он противостоял намерению главных докторов оперировать. Это, однако, послужило для него скрытым благословением, так как с этого момента он всё больше направлял своё внимание на внутреннюю садхану. Позднее, когда Бхагавану поставили диагноз саркомы левой руки, Кришнамурти даже не пригласили для консультации о способе лечения.

На руке Бхагавана было сделано уже три операции. Кришнамурти страшно переживал, потому что увечили тело Бхагавана, а он не мог этому помешать. Для четвёртой и последней операции, самой главной, из Ченная прибыли д-р Рагавачари и другие известные хирурги. Они встали перед Бхагаваном и объявили: "Бхагаван, эта операция необходима. Оборудование скоро прибудет из Ченная." Бхагаван посмотрел на них и спросил: "Вы сообщили Кришнамурти Айеру?" Все хирурги, включая Шриниваса Рао, пришли к дому Кришнамурти. Д-р Рао строго сказал: "Не препятствуйте операции. Другого выбора нет. Они все приехали для этого. Я знаю, почему Бхагаван спросил нас, 'Сообщили ли вы Кришнамурти?'. Это значит, что мы должны получить ваше разрешение на операцию. Поэтому, пойдёмте с нами, но не говорите 'нет'. Скажите Бхагавану, что операция должна быть сделана." Кришнамурти прокричал: "Как я могу так поступить?" Докторам пришлось почти силой притащить его в ашрам. Кришнамурти сам рассказывал, что произошло потом: Бхагаван посмотрел на него, как бы говоря, что он не должен говорить 'нет'. Кришнамурти уступил, но внутри него всё кипело. Он попросил врачей приступать к операции. Когда они с Бхагаваном остались наедине, Бхагаван общался с Кришнамурти не словами, но через молчание Сердца. Бхагаван, похоже, говорил: "Что поделаешь, Кришнамурти? Всё должно происходить так, как должно. Это воля Аруначалы. Она будет исполнена." Однако, вслух Бхагаван сказал: "Останьтесь со мной, пока всё не закончится."

Четвёртая операция была проведена 19 декабря 1949 года. С этих пор до того дня, когда Бхагаван оставил тело 14 апреля 1950 года, Кришнамурти был с Бхагаваном каждую ночь. Может, он не мог всё время находиться в непосредственном его присутствии, но был всегда рядом с холлом, всегда бодрствующий и доступный. Когда все остальные уходили спать, он оставался с Бхагаваном всю ночь. Он говорил: "Каждую ночь я проходил через рай и ад. Быть с Бхагаваном, моим гуру, было раем; видеть, как страдает его тело — адом."