По мере развития исламского возрождения внешние контакты российских мусульман перестали ограничиваться только поиском средств и оптимизацией хаджа. В 1997 г. была создана Международная исламская миссия, призванная продолжать дело Отдела международных связей мусульманских организаций СССР и упорядочивать мусульманскую дипломатию России. Правда, к этому времени ни о какой централизованной дипломатии речи уже не шло — российская умма раздробилась более чем на 40 муфтиятов, которые активно враждовали между собой.

С созданием в 1990 г. Исламской партии возрождения духовные управления мусульман встали перед острой необходимостью выстраивать отношения с возродившимися политическими структурами мусульман, которые, как и раньше, не скрывали своей враждебности к официальным институтам управления уммой. Например, в 1992 г. в Казахстане активисты партии «Алаш» пытались свергнуть муфтия Ратбека Насымбаева, а в Таджикистане сторонники Исламской партии возрождения (Партии исламского возрождения Таджикистана) вообще спровоцировали гражданскую войну. В постсоветской России их коллеги также сыграли не последнюю роль в смещении целого ряда муфтиев и разжигании внутримусульманских противоречий, таким образом на несколько лет заставили считаться с собой как с опасной и непредсказуемой силой.

После ликвидации Совета по делам религий СССР мусульмане смогли установить прямые контакты с чиновниками разных уровней и ветвей власти, получив в том числе и доступ к первым лицам. Это обстоятельство сулило большие перспективы, однако и вынуждало серьезно подходить к государственноисламским отношениям, которые ранее определялись лишь несколькими профильными чиновниками Совета по делам религий и были весьма предсказуемы. К сожалению, далеко не всегда обретенная в этой сфере свобода шла на пользу исламскому сообществу — в истории осталось больше негативных примеров взаимодействия мусульманских лидеров с властями. С другой стороны, именно власти оказали традиционным мусульманским организациям серьезное содействие и помогли им пережить, хотя и не без серьезных потерь, тяжелое десятилетие переходного периода.

В 1998 г. в России был создан Межрелигиозный совет России, в число учредителей которого вошли крупнейшие мусульманские структуры страны — Центральное духовное управление мусульман России и Совет муфтиев России. Таким образом стартовал новый этап развития межрелигиозного диалога в России, в рамках которого ведущие духовные лидеры получили возможность для регулярных собеседований. Апогеем межрелигиозно- го сотрудничества стало создание в 2004 г. Межрелигиозного совета СНГ, введение нового государственного праздника Дня народного единства в 2005 г. и проведение в Москве Всемирного саммита духовных лидеров в 2006 г. Кроме того, мусульманские организации стали проявлять больше внимание к двустороннему христианско-мусульманскому диалогу, как в пределах России, так и за рубежом, все с большим интересом затрагивая его теоретическую сторону.