О. Иоанн вынужден был даже написать специальный рапорт на имя архиепископа Псковского и Великолукского Евсевия (Саввина, возглавлял епархию в 1993–2018 годах), в котором разъяснял ситуацию: «Письма — это дело той же группы лиц, которые не дают мне прохода и покоя не только в монастыре, но и во время моего отпуска и уже на протяжении длительного времени блокируя возможность моего общения с людьми, не принадлежащими этой группе. <…> Татьяна Сергеевна, которая подверглась особенно пристальному и пристрастному разбирательству в жалобах, находится в послушании у меня по Божьему благословению и по моему желанию. И она не несет ответственности за то, что я благословляю ей говорить, когда передаю ответ через нее устно, а тем более письменно, когда диктую ответ сам. В отношении отца Филарета — это повторное требование удалить его от меня, на которое уже был мой ответ. И теперь только остается подтвердить его: без помощи о. Филарета я не могу выйти ни в храм, ни на редкие прогулки. Ибо не все вокруг трезвые и мыслящие люди, которые могут понять, что я нуждаюсь, как весьма пожилой человек, и в отдыхе, и в помощи. И именно такими помощниками для меня являются и игумен Филарет, и Т. С. Смирнова, бывший реставратор монастыря, оставившая свое занятие по благословению бывшего Наместника — Владыки Павла, когда мне потребовалась ее помощь. Прошу простить меня великодушно и учесть мою просьбу и желание — ничего не менять в моем окружении. Я благодарю Бога, что в моем преклонном возрасте еще имею возможность продолжать дело, благословлённое мне Богом, но сознаю, что это потому, что Господь даровал мне помощников, а не помеху в ближайшем окружении».

Да, земные годы шли, и далеко не все, видя по-прежнему напряженный график о. Иоанна, понимали, как много ему лет. Седым он был еще с конца 1960-х, но теперь из движений батюшки ушла свойственная ему всегда легкость, «летучесть»: он передвигался, опираясь на руку игумена Филарета. К старым болезням добавились проблемы со слухом, начальная стадия сахарного диабета, требовались уколы инсулина. Катастрофически ухудшилось и всегда бывшее плохим зрение. В 1998 году в эстонском Тарту о. Иоанну заменили хрусталик одного глаза, а в 1999-м — и второго. Операции прошли успешно, хотя после второй, в январе 1999-го, батюшка какое-то время вынужден был находиться в тартуской клинике и месяц выдерживать строгий режим — не читать, не наклоняться, лежать на одном боку. «И так мне хочется видеть, что все предписания врачей выполняю с тщанием», — говорил он. С этого времени старец мог читать и писать без очков.