Судья Купер был очень рад возвращению сына из путешествия и с первых же его слов почувствовал, что юноша стал настоящим моряком. Вскоре после этого, использовав свои связи и влияние политического деятеля, он обеспечил сыну место в военном флоте.
Переход молодого Купера в военно-морской флот США совпал с годами, когда на морях не происходило никаких знаменательных событий. Если бы это случилось несколькими годами раньше, то он смог бы принять участие в боевых действиях американского флота в Средиземном море, когда были разбиты корсары Барбари. А если бы он поступил во флот на год позже, то нашел бы обширное поле деятельности для своей неугомонной души, так как в то время военно-морской флот США играл важную роль во второй войне с Англией.
У Джеймса Купера имелись все необходимые качества, делавшие его хорошим морским офицером: он был самоуверен и инициативен, обладал бесстрашием, мужеством и был патриотом. Но ко времени его поступления во флот пацифистская политика президента Томаса Джефферсона, как говорили военные моряки, достигла своего апогея. Из всего состава флота только двенадцать кораблей находилось в плавании. На них служило немного боевых офицеров и почти совсем не было молодых гардемаринов, только что поступивших во флот. Для молодых людей, жаждавших настоящей морской службы, мечтавших о дальних плаваниях, приключениях и боевых подвигах, такой период в жизни флота не мог быть приятен. Но так или иначе хлопоты старого Вильяма Купера увенчались успехом, и 1 января 1808 года Морской департамент присвоил его сыну первое звание, о чем сам он получил уведомление в письме от секретаря Морского департамента:
«Морской Департамент, 1 января 1808 года. Сэр, Я имею удовольствие представить Вам патент гардемарина Морского флота США, датированный сегодняшним днем. Я вручаю Вам копию морского устава и стандарта, форму и корабельный словарь, а также бланк для присяги, которую Вы примете и вернете мне почтой, приняв звание, с которым Ваше назначение войдет в силу. Ваш покорный слуга Р. Смит»