24 августа 1906 года Столыпин опубликовал правительственную программу, основанную на «успокоении и реформах»: успокоить страну намеревался при помощи чрезвычайных мер с объявлением военного положения и военно-полевых судов, а реформы начать с аграрной, не дожидаясь созыва II Думы.
Он также объявил о подготовке законопроектов для превращения России в правовое государство и разработке действительно актуальных законов: о свободе вероисповедания, о гражданском равноправии, об улучшении быта рабочих, о реформе местного самоуправления, о реформе высшей и средней школы, о введении всеобщего начального обучения и улучшении материального обеспечения народных учителей, о подоходном налоге и полицейской реформе.
Указом от 9 ноября 1906 года правительством был разрешен свободный выход из крестьянской общины любого домохозяина, который получал в частную собственность все закрепленные за ним наделы, сведенные в один участок. Указ поощрял образование самостоятельных крестьянских хозяйств, но не посягал на помещичье землевладение, поэтому не затрагивал подлинных интересов крестьянства, а помещики сохраняли собственность на свои земли. Для этого правительство способствовало разрушению крестьянской общины.
Однако даже с этими реформами всё оказалось сложнее, чем планировал Столыпин. Революция показала, что совместная жизнь крестьян в деревнях облегчает работу революционерам, а крестьян, получивших в собственность землю, труднее организовать на бунт. Поэтому, создавая многочисленный слой мелких собственников, заинтересованных в стабильности и отказе от революции, Столыпин стремился отвлечь крестьян от «черного передела» помещичьих земель, но идея правового государства противоречила защите частной собственности помещиков.
20 февраля 1907 года начала работу II Государственная дума, в которой появились революционные партии – социал-демократы и эсеры. Дума сразу отказалась утверждать указ от 9 ноября 1906 года и занялась собственным законотворчеством. Поэтому власти решили разогнать Думу, опубликовав новый избирательный закон, не допускающий к выборам и получению депутатских мандатов революционно и оппозиционно настроенных граждан.
Это было незаконно, потому что изменять избирательный закон можно было только с согласия Думы. Несмотря на это, 3 июня 1907 года царь издал манифест о роспуске II Думы и об изменениях в Положении о выборах. Это событие вошло в историю как