Царская охранка успешно вела контрразведывательную работу против подрывной деятельности японской разведки в России, выявив факты сотрудничества с японцами российских оппозиционных партий. Были установлены японские разведчики и их ценная агентура среди революционеров. Но информация военной разведки о приготовлениях Японии к войне и об агентуре японцев среди оппозиционеров не были оценены и реализованы Николаем II и его правительством.

Генеральный штаб, располагая достоверными сведениями о противнике, также не принял действенных мер, чтобы избежать поражения в войне. Зато Япония, с более слабой экономикой, использовала потенциал разведки и, сосредоточив ресурсы на решающих направлениях, извлекла максимальную пользу из ситуации.

Тайные агенты российской военной разведки за рубежом получали немало ценной информации, но эти сведения поступали в штаб главнокомандующего через Китай и Европу, поэтому почти всегда опаздывали.

После неудачного сражения под Мукденом в феврале 1905 года в руки японцев попала часть документов разведотделения, и русские агенты в Японии оказались на грани провала. Многие были отозваны, и агентурная работа приостановлена. Для восстановления деятельности резидентуры в Японию был направлен поручик Субботич, из знатного сербского рода, знавший нескольких иностранных языков, который со временем выполнил это опасное задание.

Координацию действий войсковой и агентурной разведок осуществляли подготовленные офицеры Генштаба, знавшие иностранные языки, – полковник Нечволодов, подполковники Потапов и Панов, капитан Одинцов и переводчик Барбье, которые работали профессионально. Но контрразведка не смогла предотвратить утечку к японцам сведений о численности и передвижениях русских войск, о мобилизации и провозках по железной дороге.

Недостатком русской разведки являлось отсутствие кадровых офицеров, в совершенстве владеющих японским языком, а переводчиков на всю армию было всего 11 человек, из которых рукописные тексты могли читать только двое, что сильно затрудняло анализ документов.

Российская разведка привлекала к сотрудничеству на материальной основе не только китайцев и корейцев, но и представители европейских стран, находившихся в Японии и Корее. Полковником Нечволодовым были завербованы француз Жан Шаффаджон, швейцарец Оскар Барбье и немец Отто Мейер, собиравшие информацию о японской эскадре. Француз Бале переводил статьи из японских газет и читал лекции о японской армии.

Недофинансирование российской разведки в результате сокращения военных расходов министром финансов Витте происходило от непонимания и недооценки роли разведки в предстоящей войне Николаем II и его ближайшим окружением, которые пренебрежительно считали японскую армию «туземными» войсками, поэтому агентура среди них была не нужна.