Разведку в основном вел Второй (разведывательный) отдел Генштаба японской армии, офицеры которого в Европе и Америке действовали под прикрытием должностей военных атташе и используя свои легальные и нелегальные возможности в группировках войск в Корее, Маньчжурии. Японцы использовали для получения информации не только российских граждан, но и европейцев.
Особенно отличился в 1903–1904 годах военный атташе в России подполковник Акаси. Еще во время работы военным атташе в Стокгольме он успешно получал информацию о русской армии и флоте от шведских офицеров и военных разведчиков. Его данные о составе и боеспособности 2-й Тихоокеанской эскадры адмирала Рожественского привели к её поражению в Цусимском сражении. Разведку вели и японские нелегалы, готовые выполнить задачу даже ценой своей жизни.
Для создания массовой сети осведомителей и технического обеспечения разведки Японии помогали советники из германского ведомства Штибера. Их агентами были не только японцы, китайцы, филиппинцы и корейцы, но также беглые каторжники и отбывшие срок евреи, кавказцы, греки и турки. Так, в Екатеринославе были задержаны два австрийских подданных, которые путем подкупа получали данные о ходе мобилизации.
Иногда при вербовке китайцев японская разведка брала в заложники членов их семей, которые, используя свои знакомства и связи, проникали в расположение русской армии и через знакомых переводчиков добывали сведения о переброске русских войск по железной дороге. Осведомители получали от 40 до 100 рублей в месяц, а связники по 5–6 рублей за каждое доставленное донесение.
Японцы использовали и агентов-двойников. Так, Хосе Мария Гидис, коммивояжер, сын владельца шанхайских газет, владевший несколькими иностранными языками, в 1904 году предлагал свои услуги русскому военному атташе в Тяньцзине Огородникову, консулу в Тяньцзине Лаптеву и военному атташе Игнатьеву, которым сообщал ценную информацию.
В мае 1904 года он, как русский шпион, был приговорен японцами к расстрелу, но начал работать на японскую разведку. Выдал им несколько ценных русских агентов и сведения об организации обороны Порт-Артура. В декабре 1904 года его арестовала русская контрразведка, а после войны он был выслан из России через западную границу с неизвестными целями…
Японские спецслужбы также активно использовали агентуру и СМИ для формирования общественного мнения иностранных государств, сообщая благоприятные для Японии сведения и распространяя ложные сведения о неудачах русских войск и замалчивая их успехи.