12 ноября 1989 года Верховный Совет Эстонской ССР аннулировал свою декларацию от 22 июля 1940 года о вхождении Эстонии в состав СССР.
16 ноября он же большинством голосов принял декларацию о суверенитете.
25 марта 1990 года Коммунистическая партия Эстонии объявила о выходе из КПСС.
30 марта было принято постановление Верховного Совета «О государственном статусе Эстонии», по которому государственная власть СССР в Эстонии признавалась незаконной с момента установления. Было провозглашено начало восстановления Эстонской Республики.
Верховный Совет СССР, естественно, возражал, но эстонские власти продолжили курс на достижение независимости.
8 мая 1990 года Верховный Совет Эстонской ССР принял закон о восстановлении действия Конституции независимой Эстонской Республики 1938 года.
12 января 1991 года Председатель Верховного Совета РСФСР Б. Н. Ельцин совершил визит в Таллин, в ходе которого подписал с Председателем Верховного Совета Эстонской Республики Арнольдом Рюйтелем договор об основах межгосударственных отношений РСФСР с Эстонской Республикой. Этим договором обе стороны, по сути, признали независимость друг друга.
3 марта состоялся референдум по вопросу независимости Эстонии, в котором приняли участие проживавшие в стране до советской аннексии и их потомки, а также лица, получившие так называемые «зеленые карточки». Условием получения таких карточек было устное заявление о поддержке независимости Эстонии. Всего было выдано около 25 000 карточек (их обладателям впоследствии было предоставлено гражданство Эстонской Республики).
Людям был задан вопрос: «Вы за восстановление независимости и национального суверенитета Эстонской Республики?» И на него положительно ответило 78,4 % проголосовавших (при явке в 82,9 % избирателей).
Эстония бойкотировала состоявшийся 17 марта Всесоюзный референдум о сохранении Союза ССР, но в северо-восточных районах, населенных преимущественно русскими, местные власти организовали голосование.
20 августа 1991 года, на следующий день после попытки государственного переворота в Москве, Верховный Совет Эстонии принял постановление о подтверждении независимости республики. Но до этого, 19 августа, ГКЧП направил в направлении Таллина войска, а на аэродром в Таллине прибыли 50 десантников. Эстонцы начали сооружать в своей столице баррикады.
Утром 21 августа советские десантники атаковали и захватили несколько этажей Таллинской телебашни, но после провала ГКЧП освободили объект.