5 и 6 февраля 2005 года в Грузии были объявлены официальными днями траура. 6 февраля Зураб Жвания был похоронен в Дидубийском пантеоне в Тбилиси. Для участия в его похоронах в Грузию прибыли делегации 17 стран, а также различных международных организаций.

Согласно официальной версии, Жвания и Юсупов скончались от отравления угарным газом вследствие использования неисправной иранской газовой отопительной печи марки «Никала». Но практически сразу же появился ряд неофициальных версий, согласно которым смерть Жвании и его друга была насильственной: якобы они оба были убиты из огнестрельного оружия.

Интересно отметить, что уже 8 февраля 2005 года президент Грузии Саакашвили, выступая на международной научной конференции, оговорился, сказав: «в связи с убийством Жвании…», однако тогда он сразу же поправился на «в связи со смертью Жвании». Но даже без этого официальная версия смерти Жвании и Юсупова была почти сразу поставлена под сомнение. Хозяин квартиры на Сабурталинской улице утверждал, что новая газовая печь была установлена всего три месяца назад, и все работало исправно. А Яшир Юсупов (отец Рауля Юсупова) заявил, что не верит заявлениям следствия, так как его сын никогда не жил в квартире на Сабурталинской улице, где произошла трагедия, и никогда не снимал ее. Якобы Рауль Юсупов имел свою квартиру в Варкетильском микрорайоне Тбилиси, где в течение последних пяти лет проживал вместе со своей женой.

По информации брата премьер-министра Георгия, в квартире на улице Сабурталинской, где были найдены тела Жвания и Юсупова, не были обнаружены отпечатки пальцев погибших. Кроме того, по словам Георгия Жвании, найденные в квартире окурки от сигарет вряд ли могли принадлежать его брату, так как у него «была специфическая манера выкуривать сигареты – он их не докуривал до конца и характерно гасил».

Георгий Жвания сказал: «Налицо попытка скрыть следы, могут возникнуть проблемы, связанные со свидетелями, однако правда все равно будет установлена». А еще он заявил: «Всей этой инсценировкой, а также уничтожением улик, непосредственно руководил Михаил Саакашвили».

И проблемы, связанные со свидетелями, действительно возникли: 4 февраля 2005 года был найден мертвым сотрудник аппарата Зураба Жвании Георгий Хелашвили (по официальной версии, он покончил с собой в собственной квартире при помощи взятого у соседа охотничьего ружья). А чуть позднее был застрелен руководитель бюро судебно-медицинской экспертизы Грузии Нико Кистаури, готовивший заключение о смерти Жвании и Юсупова (по официальной версии, он был убит своим бывшим одноклассником, который впоследствии совершил самоубийство).