В августе 1943 г. Государственный Комитет Обороны принял решение о переводе Высших всеармейских военно-политических курсов в Москву. Начальником курсов был назначен бывший выпускник академии полковник А.И. Ковалевский, его заместителем по учебной и научной работе – генерал-майор И.И. Зубков, начальником политического отдела – полковник И.В. Воронков.

Высшие всеармейские военно-политические курсы по штату имели следующие кафедры: марксизма-ленинизма, Великой Отечественной войны, истории СССР, истории международных отношений, истории войн и военного искусства, партийно-политической работы, общей тактики и огневой подготовки. Новые учебные планы отвечали целям и задачам подготовки политработников на факультетах и сборах. На изучение общественных дисциплин на основных факультетах выделялось 33,8 % на военные дисциплины – 66,2 % всего учебного времени.

В тематический план кафедры марксизма-ленинизма были включены новые темы: «Марксистско-ленинское учение о войне и армии», «Ленинская национальная политика и ее значение в деле строительства социализма, укрепления военной мощи страны и разгрома немецко-фашистских захватчиков», «Партия – организатор борьбы и победы над немецко-фашистскими захватчиками» и др.

Курс партийно-политической работы предусматривал изучение разделов: Политорганы и партийные организации Красной Армии, «Агитационно-пропагандистская работа в Красной Армии», «Партийно-политическая работа в боевой обстановке». В 1943 г. был издан ряд научно-исследовательских работ преподавателей, в том числе Д.М. Кукина «Дружба народов СССР в Отечественной войне», Г.В. Кузьмина «Красная Армия в Великой Отечественной войне», Н.М. Киряева «Героическая оборона Севастополя» и др.

Большое внимание уделялось дальнейшему улучшению и военной подготовке преподавателей и слушателей. В целях более глубокого изучения и обобщения боевого, фронтового опыта преподаватели кафедр направлялись в командировки в части и соединения действующей армии. Осенью 1943 г. на ВВВПК были созданы новые кафедры военных дисциплин: артиллерии, инженерной службы, связи и химзащиты. С учетом Великой Отечественной войны совершенствовалась и военная подготовка постоянного состава курсов. С сентября 1943 г. в системе командирской учебы преподавателей занятия стали проводиться четыре раза в месяц.

С конца 1943 г. на курсах усиливался приток слушателей из числа фронтовиков. Большинство слушателей являлись активными участниками Великой Отечественной войны, получили боевую закалку на фронтах, приобрели опыт партийно-политической работы в боевой обстановке. Высшие всеармейские военно-политические курсы постоянно поддерживали тесную связь с соединениями и частями действующей армии.