27 человек остались с Дампиром. Остальные, в числе которых были все офицеры и корабельный врач, заявили, что намерены плавать самостоятельно. Это был настоящий заговор, руководителями которого были Морган, Фаннелл и Уэлб. Продовольствие было поделено, и четыре из 26 пушек вместе с 25 мушкетами, пистолями и бочонком пороха перегружены на «Дрэген». Всего на «Дрэгене» ушли 35 человек.

«Дрэген» покинул мексиканские берега и пересек Тихий океан, подойдя к Молуккским островам. Когда дезертиры добрались до Амбоины, то были посажены голландцами в тюрьму за пиратство. Они ожидали, что их повесят, но по иронии судьбы голландцы неожиданно их освободили, узнав, что они служили у Дампира, который за свое навигационное искусство был весьма почитаем в Голландии. Большинство из них были направлены на голландские суда, всегда испытывавшие недостаток в людях при обратном плавании вследствие большой смертности среди матросов. Они вернулись в Европу в августе 1706 г. Фаннелл по возвращении в Англию пообещал опубликовать свой отчет о плавании. Книга вышла за год до возвращения Дампира под названием «Путешествие вокруг света: отчет об экспедиции капитана Дампира в Южные моря на корабле «Сент Джордж» в 1703 и 1704 гг., написанный Уильямом Фаннеллом, помощником капитана Дампира». Предисловие было написано очень дипломатично: «Успех нашей экспедиции был не таким большим, как можно было вначале ожидать, учитывая опытность нашего командира и решительность наших людей: споры и вражда сводили на нет самые обещающие надежды… Я не могу по-настоящему судить, но заметил, что во всех местах южноамериканского побережья, где мы побывали, и во время наших плаваний в Южных морях мы находили совершенно точными их описания, сделанные капитаном Дампиром, а его отчеты о ветрах, течениях и т. п. — великолепными». Тем не менее, как читатель уже имел возможность убедиться, в отчете Фаннелла содержалась серьезная критика Дампира.

Оставшись с верной ему частью команды, Дампир благодаря искусству корабельного плотника, с которым в это плавание ему повезло, сумел починить «Сент Джордж». Теперь наконец удача пришла к Дампиру. Англичане без труда захватили город Пуну и безжалостно его разграбили. Затем они захватили испанскую бригантину, перешли на нее и перенесли весь груз с «Сент Джорджа», оставив его в Панамском заливе. Свой новый корабль Дампир назвал «Виндикейшн» («Оправдание»). На нем он пришел в Батавию, где его заключили в тюрьму, так как он не имел патента, украденного Клиппингтоном. Дампиру как-то удалось оправдаться и выйти из тюрьмы. В конце 1707 г. он вернулся на родину, закончив второе кругосветное плавание.