Вскоре были освобождены многие другие англичане, находившиеся в плену на острове Маврикий. Некоторые из них были направлены в Индию, другие — прямо в Англию. Положение Флиндерса оставалось прежним. 17 декабря 1804 г. капитан написал новое письмо губернатору, в котором обращал внимание на то, что прошел уже год его заключения, а он все еще остается в полном неведении относительно своей дальнейшей судьбы. Флиндерс просил отправить его во Францию; чтобы там рассмотрели его дело и приняли окончательное решение. Губернатор даже не ответил на это письмо, как не ответил и на второе, посланное через неделю. Между тем здоровье Флиндерса продолжало оставаться очень плохим.

В мае 1805 г. было освобождено еще несколько англичан, среди них и Эйкен. Они покинули Маврикий на борту американского судна. С Эйкеном Флиндерс послал в Англию подробные данные о своих открытиях в Новой Голландии.

4 июля к берегам Маврикия вновь подошла эскадра под командованием капитана Джона Осборна. На этот раз договоренность об обмене военнопленными была достигнута очень быстро. Но Флиндерса Декан опять не отпустил, несмотря на то что получил от британского генерал-губернатора в Индии специальное письмо по этому поводу. Секретарь Декана объяснил Флиндерсу, что его дело рассматривается непосредственно французским правительством, поэтому губернатор до получения ответа из Парижа не может предпринять каких-либо действий.

В августе Флиндерсу было передано распоряжение губернатора перебраться куда-нибудь подальше от побережья. Посоветовавшись со знакомыми французами, Флиндерс выбрал плантацию, находившуюся в 12 милях от Порт-Луи. Она принадлежала мадам д’Арифа. Там в конце октября 1805 г. Флиндерс впервые получил письма из Англии от родных и знакомых, о которых он ничего не знал более трех лет. «В письме президента Королевского общества, — писал впоследствии Флиндерс, — сообщалось, что из-за непонимания между французским и британским правительствами, которое было очень велико, не существовало никакой связи между ними; но что он, президент, получив согласие правительства, сделал представление обо мне в Национальный институт Франции, от которого ожидает благоприятного ответа. Президент выражал надежду, что, как только император Наполеон вернется из Италии, будет получен приказ о моем освобождении».

Письмо Бэнкса вселило во Флиндерса надежду на скорое освобождение. Поэтому он был огорчен появлением у берегов Маврикия британских фрегатов «Питт» и «Терпсихора», ибо, как писал Флиндерс, «каждую неделю мог прибыть ожидаемый приказ, но этому могло помешать столкновение французского корабля с нашими судами».