Через три недели Флиндерс получил письмо от Монистроля. Его приглашали в город, чтобы возвратить все материалы, изъятые четыре года назад на «Камберленде».

В колониальном управлении полковник передал Флиндерсу сундук с бумагами. Шпага и подзорная труба, сообщил он, будут возвращены при отплытии с острова, так же как и деньги, вырученные от продажи «Камберленда». Флиндерс, просмотрев содержимое переданного ему сундука, обнаружил, что некоторых материалов, относившихся к его плаванию, там нет. Кроме того, многие бумаги и письма из-за небрежного хранения были так испорчены, что прочитать их не представлялось возможным.

Флиндерс тут же передал через Монистроля письменный протест, в котором обращал внимание Декана на то, что: «1. Различные письма и бумаги либо полностью, либо частично уничтожены крысами, клочки этих материалов находятся в сундуке. 2. Отсутствует третий том моего дневника, содержащий описания наблюдений, сделанных на борту «Исследователя», «Морской свинки» и шхуны «Камберленд» за период с июня по 17 декабря 1803 г., дубликата которого я не имею. 3. Отсутствуют два ящика с официальными письмами. В одном из них находились письма от его превосходительства губернатора Нового Южного Уэльса Кинга, адресованные секретарю министерства колоний, а в другом — письма полковника Патерсона, помощника губернатора Нового Южного Уэльса, не помню, кому адресованные».

В Порт-Луи Флиндерс встретился с капитаном «Маркиза Уэллсли» Стоком, и они договорились, что в случае, если губернатор отпустит Флиндерса, он покинет остров на борту этого судна. Но поскольку у Флиндерса было сильное подозрение, что Декан и на этот раз постарается его задержать, он переправил большую часть своих книг и материалов на корабль «Маркиз Уэллсли», а также написал адмиралу Пеллю, что сомневается, выполнит ли губернатор распоряжение морского министра.

Подозрения Флиндерса полностью оправдались. Декан не разрешил ему уехать с острова. Простояв в порту три месяца, «Маркиз Уэллсли» покинул его, не взяв на борт ни одного англичанина.

Перед отплытием капитан Сток послал Декану письмо с просьбой отпустить Флиндерса. Секретарь губернатора устно передал Флиндерсу ответ на него. Губернатор очень сожалеет, сказал он, что не имеет возможности отправить капитана Флиндерса на корабле «Маркиз Уэллсли». Но как только обстоятельства позволят, капитан Мэтью Флиндерс будет освобожден и отправлен в Лондон.

Прошло восемь месяцев, а Флиндерс продолжал томиться в плену. В течение этого времени он неоднократно обращался с просьбой объяснить ему причины задержки на острове, несмотря на распоряжение французского правительства, но ответа не получал.