В 1900 году он становится членом Государственного совета и останется им до 1912 года. Сколь непростыми были для него эти годы, можно судить по брошенным вскользь словам в письмах близким по духу людям: «…Два новых назначения – двух князей – доказывают прочность системы пополнения членов Государственного совета… по этому пути мы действительно дойдем до пределов… Простите… Человека, чувствующего, что ему не поставят в вину слово горечи и обиды – ради любви к Родине!»
Знаменательно, что в 1912 году, незадолго до столь торжественно отмечаемого 300-летия Дома Романовых, он приходит к решению уйти от дел. А 12 июля 1913 года исполнилось 50 лет государственной и общественной деятельности графа С. Д. Шереметева.
Этот день он провел в Кускове в обществе родных и близких. Сотни поздравительных писем, телеграмм и поздравительных адресов были приняты им в эти дни. Вероятно, с особым сердечным чувством читал граф строки, написанные его соратниками по «историческим трудам»: по Обществу любителей Древней Письменности, по Археографической комиссии, по Русскому генеалогическому обществу, от сотрудников Императорской публичной библиотеки, не раз оказывавших графу помощь в его научных трудах. Отметила заслуги графа и пресса. Многие газеты писали о «впечатляющих плодах его деятельности на ниве русской науки».
Интерес к истории у Сергея Дмитриевича появился еще в детстве, чему немало способствовал его учитель Михаил Петрович Мосягин. Список обязательной литературы для чтения, составленный юным графом под влиянием учителя, включал труды Карамзина, Костомарова и Соловьева, многотомное жизнеописание императора Николая I, составленное Шильдером; книги по истории Древнего мира и России… Этой привычке – читать исторические исследования – граф оставался верен всю жизнь. Когда же интерес его сосредоточился на Смутном времени, то самым внимательнейшим образом им вновь были перечитаны труды историков по этой проблематике. К тому времени историография Смуты была представлена именами таких исследователей, как Карамзин, Соловьев, Ключевский, Бестужев-Рюмин, Костомаров, Иловайский, Иконников, Платонов…
Первые профессиональные русские историки – В. Н. Татищев и М. М. Щербатов – при описании событий Смуты следовали летописной традиции и летописным свидетельствам (Скрынников Р. Г. Социально-политическая борьба в русском государстве в начале XVII века. Л. 1985. С.3.) Татищев в основном цитировал произведения XVII века, созданные «в пику» Годунову его противниками. Исследование М. М. Щербатова – значительный шаг вперед. Несмотря на то, что работа Щербатова носит характерное название: «Летопись о многих мятежах и о разорении Московского государства от внутренних и внешних неприятелей и от многих тогдашних времен многих случаев, по представлении царя Ивана Васильевича… собрано из древних тех времен писаний» (Спб., 1771.), автор сделал попытку указать причины социальных катаклизмов конца XVI века. Исследование Щербатова выходит на новый уровень понимания Смуты (у Татищева это лишь «безумная распря знатных шляхетских родов»); для него это «буйство народное», причиной которого прямо называется политика закрепощения крестьян времен Бориса Годунова.