Были утверждены положения о главных и центральных управлениях Наркомата обороны. На начальников управлений возлагалась ответственность за боевую и мобилизационную подготовку определенного рода войск, своевременное материальное обеспечение, совершенствование вооружения и техники и использование кадров. Для проверки боевой учебы войск создавались инспекции.

На базе приграничных округов начато развертывание оперативных командований, а на базе внутренних округов развертывание резервных округов. К началу октября 1939 года было сформировано 5 оперативных, 12 окружных и 20 армейских управлений. Каждый оперативный округ включал 3–4 армии, отдельные механизированные и стрелковые корпуса, военно-воздушные силы, несколько полков артиллерии резерва ГК, части специальных войск, тыловые части и учреждения.

Таким образом, произошло значительное сокращение полномочий начальника генерального штаба, который раньше занимался этими делами лично. После такого хода Зинченко напрягся, но потом понял, что любой новый начальник попытается незамедлительно умерить пыл слишком самостоятельного заместителя, поэтому с точки зрения человеческой психологии и корпоративных отношений, такие тихушные подставы со стороны Тимошенко, человеку с 21-го века были абсолютно понятны.

Не понятно как, но Тимошенко смог продвинуть вопрос курирования, то есть он предложил Сталину назначить из состава наркомата обороны кураторов над оперативными направлениями. Лично Тимошенко курировал три западных оперативных и самых опасны направления (Финское, Прибалтийское и Польское). Начальник генерального штаба Зинченко был назначен куратором Дальневосточного направления, Василевский Александр Михайлович назначен заместителем начальника Оперативного управления Генштаба и теперь курирует Жукова на Кавказском направлении.

То, что Тимошенко не очень любит попаданца Зинченко стало понятно абсолютно всем, так как Зинченко практически был выселен за пределы Москвы в глухие таежные дали, его периодически вызывали на важные совещания, но свои полномочия в качестве важного московского сидельца Зинченко терял на глазах.

Каждое армейское управление было рассчитано на руководство 2–3 стрелковыми корпусами. В случае войны планировалось включить в состав некоторых армий резервов из состава внутренних округов по одному механизированному корпусу и одной смешанной авиационной дивизии.

Реорганизацию претерпел и Военно-Морской Флот. Были укреплены управления и отделы Главного морского штаба. Флоты пополнялись новыми соединениями и кораблями, на Балтике началось строительство новых береговых укрепрайонов вооруженных 380 мм башенными орудиями от недостроенных линкоров. Началось строительство двух авиа несущих кораблей и массовое строительство быстроходных торпедных бронекатеров. Наконец то стали поступать первые, закупленные у англичан и американцев корабли, в том числе выкупленный у немцев крейсер Лютцов. Всё это приобретенное у империалистов разнообразное железо было сосредоточено на востоке и создавало основу нашей военно-морской мощи на Тихоокеанском оперативном направлении для противодействия Японии. На равных противодействовать японскому флоту наши корабли всё ещё не могли, но с помощью авиации могли достаточно уверено противодействовать любым попыткам высадки японского десанта на наше восточное побережье.