Постригли и жену Федора, но это уж по ее горячей просьбе, и отправили в Заонежский Толвуйский погост. Малолетних же детей их, сына Михаила и дочь Татьяну, не тронули, отдали на воспитание тетке их Анастасии и вместе с семьей Александра Никитича отправили на Белозеро. Всех же младших братьев Романовых били кнутом на площади, а потом разослали на заточение в разные тюрьмы дальние: Александра Никитича — в Усолье-Луду на Студеном море; Михаила Никитича — в город Нароб Чердынского уезда, где за буйство свое сидел он год в яме; Ивана Никитича — в Пелым; Василия Никитича — в Яренск. Через немного лет вернулся в Москву один лишь Иван и много кричал потом о том, что братьев его извели по приказу Годунова. Но уже одно то, что он-то вернулся, все это вранье на нет сводит. Да и кому они страшны были? Федор — вот кто главный бес, а они так — бесенята. А Федор-то и выжил на нашу голову.

Но опалой Романовых дело не ограничилось. Борис Годунов, предчувствуя кончину близкую, решил, как видно, последним ударом устранить всех возможных врагов и оставить державу царю Борису в мире и спокойствии. Взяли многих родственников и клевретов романовских, князей Черкасских, Шестуновых, Репниных, Карповых, Сицких, и разослали их в места дальние. Инокиню Марфу, мать Димитрия, которую уличили в тайных связях с Федором Романовым, постановили перевести в отдаленный монастырь, а в какой, не объявили для пресечения соблазна. Сослали и Василия Шуйского, но тот сам напросился. Во время боярского суда над Романовыми он вдруг вспомнил, с чего весь сыр-бор начался, и задал Борису Годунову тот же вопрос о царевиче Димитрии.

— Уж ты бы, княж Василий, помолчал бы! — грозно оборвал его Годунов. — Не ты ли клялся нам всем, что своими руками гроб с телом Димитрия в могилу опустил? А теперь заводишь речи воровские!

Бояре зашумели возмущенно и единодушно обрекли Василия Шуйского на молчание в его галицких вотчинах.

Оставался последний смутьян — Богдан Вельский, бывший близкий друг и родственник, и по одному этому уже враг лютый. Царь Борис, взойдя на престол, несмотря на противодействие Годунова, повелел вернуть Вельского ко двору, помня доброту его в детские годы и то, что он всегда за него выступал. Вельский сразу вошел в роль наставника, указывал Борису даже при боярах и пытался по старой памяти водить его на помочах. Царю Борису это быстро надоело, и он спровадил Вельского на строительство новой крепости на южный рубеж. С почетом проводил, со своим двором и войском. Но Вельский затаил обиду. Рассказывают, будто бы кричал он прилюдно, что кабы не он, то не Борис бы сидел на престоле, а царевич Димитрий. В доносе, как водится, эти слова перевернули, вышло, что Вельский держал сторону Димитрия, царь Борис, возмущенный такой черной неблагодарностью, приказал взять Вельского в железы и доставить в Москву.