9 марта японский флот под командованием вице-адмирала Х.Того в полном составе (6 броненосцев, 6 броненосных и 6 бронепалубных крейсеров) снова вел артиллерийский обстрел внутреннего рейда русской крепости. Ему в течение двух часов отвечали 9 русских броненосцев и 4 крейсера. Стрельба велась с большой дистанции (около 80 кабельтовых), но русские комендоры с «Громобоя» сумели добиться попадания 10-дюймовым снарядом в броненосец «Фудзи», на котором, по японским данным, было 7 убитых и раненых. После этого противник отошел.

Спустя пять дней состоялась очередная попытка японцев заблокировать вход в гавань Порт-Артура четырьмя брандерами, которая вновь была сорвана огнем русской эскадры. У русских в бою с сопровождавшими брандеры миноносцами довольно ощутимо пострадал только миноносец «Сильный» (8 погибших, 14 раненых). Макаров при этом, дабы быть поближе к происходящему, руководил отражением атаки не с флагманского «Ретвизана», а с борта канонерской лодки «Кореец», что еще более подняло авторитет лихого командующего в глазах его подчиненных.

После этого нападения в крепости была вновь усовершенствована система обороны рейда — теперь она состояла из подчиненных общему плану прикрытия порт-артурской гавани и применяемых совместно береговых батарей, бонов, затопленных пароходов, управляемых крепостных минных заграждений, канонерских лодок, дежурных миноносцев и катеров, а также по-прежнему пребывающего на внешнем рейде поврежденного, но отнюдь не утратившего своей боевой мощи «Георгия Победоносца». Для выхода кораблей в море оставили небольшой, но достаточный проход, перекрываемый боном с сетями.

За предпринятые меры по инженерному оборудованию рейда во многом стоило благодарить произведенного 28 марта в контр-адмиралы И. К. Григоровича, который ранее командовал погибшим «Пантелеймоном» и чудом уцелел при гибели броненосца. На должности начальника порта, которую доверили Ивану Константиновичу, его организаторские таланты нашли себе наилучшее применение. Более того, именно благодаря административным способностям Григоровича и заведенному им образцовому порядку во всех областях портового хозяйства флот до конца осады не знал недостатка в угле, материалах снабжения и боевых запасах.

Тем временем японцы не оставляли надежд окончательно вывести из строя русскую эскадру, даже после всех понесенных потерь представлявшую серьезную угрозу планам высадки их армии на Ляодунский полуостров. Однако же активные действия адмирала Макарова срывали все их попытки закупорить вход в гавань Порт-Артура с помощью брандеров и обстреливать внутренний рейд перекидным огнем с броненосцев. Так, не стала удачной и очередная бомбардировка крепости, произведенная 22 марта японскими броненосцами «Фудзи» и «Ясима» из Голубиной бухты. Оба корабля выпустили вместе две сотни 12-дюймовых снарядов, но добились лишь минимального эффекта.