В начале июня 1941 года Корчак и Стефа провели почти всю ночь вместе с Зильбербергом и другими жильцами дома, наблюдая сквозь щели в шторах за немецкими войсками, марширующими по опустевшим улицам гетто — Хладной, Электоральной и Сенаторской — и далее по мосту через Вислу в сторону границы с Советским Союзом. На танках было написано по-немецки: «Сталин, мы идем».

Как и многие другие, Корчак был абсолютно уверен, что русские разобьют гитлеровские войска, как в свое время они разбили Наполеона. Освобождение Польши было только делом времени. Однако последующие месяцы принесли обескураживающие известия о победах немцев и о массовом уничтожении евреев на захваченных территориях. К тому же в гетто разразилась эпидемия тифа, которая унесла в могилу тысячи ослабленных голодом людей.

Евреи цеплялись за свое язвительное острословие как способ выживания. Что бы ни случилось внутри или вне гетто, все служило пищей для черного юмора. Встречаясь, люди обменивались такими фразами: «Какой смысл немцам бомбить Лондон, а англичанам — Берлин? Все эти перелеты — пустая трата горючего. Немцам надо бомбить свой Берлин, а англичанам — свой Лондон». Или: «Горовиц (Гитлер) на том свете видит в раю Иисуса. „Эй, — кричит он, — что этот еврей здесь делает без нарукавной повязки?“ А святой Петр отвечает: „Ему можно, он сын Босса“». Сумасшедший Рубинштейн по-прежнему произносил свои заклинания. Его куплеты «Все равны! В гетто все равны!» (пародия на лозунг юденрата, призванный убедить население гетто, что юденрат ко всем относится одинаково справедливо) так всем нравились, что во Дворце мелодий, одном из популярных мюзик-холлов, было поставлено ревю «Все равны».

Предугадать тактику нацистов было невозможно. Совершенно неожиданно в конце лета гестапо разрешило юденрату открыть двадцать еврейских школ, где занятия должны были проводиться на польском, идише и иврите. Евреи кинулись искать подходящие помещения, не ведая, что Гитлер уже назначил Рейнхарда Гейдриха, шефа политической полиции рейха, ответственным за «окончательное решение» и что в Освенциме уже проводятся первые эксперименты с газовыми камерами как эффективным инструментом уничтожения людей.

Корчак не выпускал своих детей из приюта, опасаясь заражения тифом, но сам проводил семинары по педагогике с учителями и директорами новых школ, которые должны были обслуживать шесть тысяч из пятидесяти тысяч детей начального школьного возраста, обитающих в гетто. Предполагалось, что учебный год начнется с театрального конкурса, в котором примут участие все три языковые группы. Ивритские школы готовили скетчи из еврейской жизни в Палестине от древних времен до современности, группа говорящих на идише планировала поставить сцены, посвященные труду и общественной справедливости, а польские школы инсценировали эпизоды из польской литературы, в которых поляки и евреи жили бок о бок в полной гармонии.