«Биопроцесс» стал акционерным обществом. Бендукидзе – председатель совета директоров.

1991 22 декабря начался государственный переворот в Грузии, в результате которого в январе Гамсахурдия был вынужден бежать из Тбилиси. 25 декабря был распущен Советский Союз.

«Биопроцесс» вместе с Московской нефтяной биржей создал «Народную нефтяную инвестиционно-промышленную Евро-Азиатскую корпорацию» (НИПЕК). Бендукидзе вошел в совет директоров НИПЕК.

1992 Проведена открытая подписка на акции НИПЕКа. Контрольный пакет остался в руках «Биопроцесса» и советско-ливанского СП «Маджесс» под руководством Михаила Могутова.

Вместе с Константином Затулиным, Марком Масарским, Михаилом Ходорковским, Иваном Кивелиди, Владимиром Гусинским, Владимиром Виноградовым и Юрием Милюковым Бендукидзе учредил группу «Предпринимательская политическая инициатива – 92».

1993 В мае «Биопроцесс» приобрел 18 % «Уралмаша» на чековом аукционе. Бендукидзе стал главным управляющим НИПЕК.

Вошел в Совет по промышленной политике при российском правительстве, принял участие в Конституционном совещании, разработавшем новую российскую Конституцию. Неудачно баллотировался в Госдуму от предпринимательского блока «Преображение» – блок не собрал необходимого для регистрации количества подписей.

1994 Группа «Биопроцесс»-НИПЕК продолжила участие в ваучерной приватизации. Бендукидзе возглавил совет директоров судостроительной фирмы «Алмаз». Смерть отца, Автандила Бендукидзе.

1995 Структуры Бендукидзе купили Томский нефтехимический комбинат (в 1997 году продан Сибирскому химкомбинату). Бендукидзе вошел в президиум «Круглого стола бизнеса России».

1996 Бендукидзе подписал заявление президиума «Круглого стола бизнеса России» в поддержку избрания Бориса Ельцина президентом России на второй срок.

Создана компания «Уральские машиностроительные заводы» (УМЗ).

1997 Бендукидзе возглавил совет директоров УМЗ. УМЗ провел размещение акций среди иностранных инвесторов.

Вместе с другими лидерами КСБР Бендукидзе потребовал от правительства ликвидировать систему уполномоченных банков и провести налоговую реформу.

1998 Бендукидзе – генеральный директор УМЗ. Компания разместила американские депозитарные расписки (ADR) на западных биржах. В состав УМЗ вошли «Ижорские заводы».

1999 Раздел активов с Михаилом Могутовым. Бендукидзе отходят активы в тяжелом машиностроении.

2000 УМЗ переименованы в «Объединенные машиностроительные заводы (Группа Уралмаш-Ижора)» (ОМЗ). 10 июля генеральный директор «Уралмаша» Олег Белоненко расстрелян вместе с водителем в Екатеринбурге (убийство осталось нераскрытым). Совет директоров предприятия назначил новым генеральным директором Бендукидзе.