В октябре Бендукидзе вошел в бюро Российского союза промышленников и предпринимателей и возглавил его комитет по налоговой и бюджетной политике.

2001 «Наша цель – стать международной компанией», – написал Бендукидзе в годовом отчете ОМЗ за 2001 год. ОМЗ купили завод «Красное Сормово», НПО «Буровая техника» и завод нефтебурового оборудования Upet в Румынии.

2002 ОМЗ приобрели четыре конструкторских бюро на территории бывшего СССР и инжиниринговую компанию Friede & Goldman Ltd (Хьюстон, США).

В марте Бендукидзе принял участие в «кооперативе олигархов», финансировавшем независимый телеканал ТВС (7,5 %), но в дальнейшем дистанцировался от его деятельности.

2003 В январе ОМЗ приобрели 20 % акций «Атомстройэкспорта» (специализируется на поставках оборудования для зарубежных атомных станций) и 51 % акций инжиниринговой компании «Зарубежэнергопроект». В декабре Бендукидзе и Владимир Потанин договорились о слиянии ОМЗ и «Силовых машин», в результате которого первому должно было достаться 15 %, а второму – 35 % акций объединенной компании (летом следующего года сделка развалилась) С подачи Бендукидзе в России принят новый закон о валютном регулировании, установивший более либеральный режим трансграничного движения капитала.

2004 В мае Бендукидзе принял участие во встрече российских предпринимателей с президентом Грузии Михаилом Саакашвили и получил предложение возглавить грузинское министерство экономики. 1 июня Бендукидзе стал министром, а в декабре пошел на повышение и получил должность государственного министра – координатора структурных и экономических реформ во всех министерствах и ведомствах Грузии.

2005 3 февраля погиб премьер-министр Грузии Зураб Жвания. Новый премьер – Зураб Ногаидели. В марте стартовала радикальная реформа системы лицензирования, в итоге которой число лицензий было сокращено на 85 %.

30 мая Сергей Лавров и Саломе Зурабишвили утвердили график вывода российских военных баз из Аджарии и Ахалкалаки – процесс должен был завершиться до конца 2008 года.

В ноябре Бендукидзе продал свой пакет акций ОМЗ «Газпромбанку».

2006 Взрывы на двух магистральных газопроводах оставили Грузию без тепла в разгар морозов. Оппозиция потребовала отставки Бендукидзе – «пешки в руках Москвы». В сентябре разгорелся шпионский скандал: после задержания в Грузии четырех офицеров ГРУ Россия ввела транспортную блокаду и торговое эмбарго, заблокировала денежные переводы в Грузию, устроила охоту на грузинских иммигрантов. Бендукидзе и его команда готовят радикальную реформу системы здравоохранения, которая будет проводиться в 2007–2009 годах.