Между тем с самого начала в КБ-11 соединилось два типа деятельности. В этом ядерном центре рядом, бок о бок, работали ученые — разработчики ядерного оружия, и производственники, воплощавшие их замыслы в реальность. Научный руководитель по регламенту отвечал за результаты, полученные учеными, а директор — в основном и прежде всего за осуществление их предложений, за воплощение их в реальность согласно правительственным заданиям. Кроме того, на директорские плечи ложились многочисленные обязанности по развитию материальной базы института, строительству города, его снабжению и решению прочих многочисленных проблем. В руководящем эшелоне КБ-11 считалось, что этих нагрузок (действительно очень больших) вполне достаточно для директора, и он в этом случае уже не обязан подключаться к решению научных вопросов. Более того, согласно установленному распорядку этого ему и не полагалось делать.

Но Борис Глебович поначалу воспринимал свои задачи иначе, более широко — так, как он привык на прежних местах работы. В 1991 году академик Е. А. Негин (он работал в КБ-11 с 1948 года и в 1978–1992 годах возглавлял ВНИИЭФ) рассказывал журналисту Галине Окутиной: «Наше предприятие, по структуре управления, по самому внутреннему построению “администрация — наука”, было необычным. Борис Глебович не был готов к тому, что он, директор, может подписывать документы далеко не всякие. Например, по науке подписывает не он… Как-то в отсутствие Харитона Музруков подписал какие-то чертежи. Их вернули. Он так расстроился: “Что же — я, что ли, ничего не понимаю, не директор, что ли?” Объяснили ему специфику…»

К проблеме «разделения властей» присоединились и другие трудности. Несомненно, они на первых порах огорчали Бориса Глебовича. Однако разрешить их единым махом не представлялось возможным — основой для их возникновения служили объективные обстоятельства.

Для ученых, которые с конца 1940-х годов во многом определяли работу и жизнь КБ-11, во все времена были характерны особые черты: большое свободомыслие, отсутствие пиетета по отношению к высоким должностям, нелюбовь к жесткой дисциплине. Эти и другие качества не только важны, но зачастую просто необходимы в процессе исследований.

На производстве, с которым так хорошо был знаком Музруков и которое составляло значительную часть в деятельности КБ-11, приняты другие требования. Они тоже вполне понятны: строгая вертикальная градация обязанностей, четкая система подчинения, минимум обсуждений на рабочих местах. Такие особенности не всегда прочно увязывались с характером работы в «научных цехах» предприятия. Это объективно создавало определенные трудности во взаимодействии специалистов разных подразделений.