В августе 1968 года вышло долгожданное постановление ЦК КПСС и Совета Министров СССР по итогам деятельности Минсредмаша и его задачам на 1968–1975 годы. В документе определялись основные направления работ по созданию и совершенствованию отечественного ядерного оружия, а также по развитию научно-исследовательских институтов отрасли. Начинался новый этап жизни и работы ВНИИЭФ.

Шестидесятые годы, несмотря на все объективные сложности этого периода, очень многое дали КБ-И и в плане роста его научно-экспериментальной базы, и в повышении производственного потенциала. Во многом эти важные положительные сдвиги произошли благодаря активной позиции руководства КБ-11, его целеустремленности и настойчивости, его умению оперировать ограниченными ресурсами и концентрировать усилия на главных направлениях. Именно этими качествами характеризуется стиль директора Музрукова. Несомненно, во многом благодаря ему стали реальностью высокие результаты института.

Одним из наиболее значимых достижений было, конечно, создание новых физических установок — именно на них проводились впоследствии уникальные эксперименты. В КБ-11 к концу 1960-х годов появились гамма-графическая установка БИМ-117, импульсный генератор жесткого рентгеновского излучения МИГ-5000, рентгеновская установка РИУС-5, новые реакторы БИР, ВИР, ТИБР, ФКБН-П, первый в мире линейный импульсный ускоритель ЛИУ-2 и многие другие сложнейшие инженерно-технические сооружения, не имеющие аналогов. Такой является, например, скоростная трасса (рельсовый путь) длиной в километр, введенная в строй на 22-й площадке КБ-11 уже в 1963 году. Она была уложена с точностью, поражающей воображение: отклонение от идеальной прямой составляло один миллиметр на километр. В 1968 году в соответствии с решением Минсредмаша было начато удлинение трассы до трех тысяч метров. Эти работы завершились уже в 1980-х годах.

Усиленное развитие получил НИК — научно-испытательный комплекс КБ-11. В 1960-е годы были созданы установки, позволяющие проводить всесторонние испытания изделий на самые разнообразные воздействия. Таким образом можно было значительно расширить спектр отработки зарядов и боеприпасов на внутренних полигонах. Практически все возможные ситуации, в которые могло бы попасть изделие при эксплуатации, транспортировке, хранении, воспроизводились на экспериментальных площадках ВНИИЭФ. Тем самым достигалась высокая степень надежности и боеспособности изделий.

Большая заслуга в достижении этих показателей принадлежала опытному производству — заводам КБ-11 под номерами 1 и 2. На них в течение шестидесятых годов также произошли серьезные изменения, позволившие повысить качество выпускаемой продукции и расширить производственные возможности.