В 1961 году на 21-й площадке в строй вошло новое здание, в котором развернулись ядерные исследования. Тремя годами позже там же появился механический цех — это позволило разгрузить завод № 1 от заказов сектора 4 и ускорить изготовление необходимых физикам узлов и деталей.

Радиохимические исследования, активно проводившиеся в секторе, получили мощный импульс в середине 1960-х годов, когда были построены несколько зданий для лаборатории, занимавшейся этими ответственными работами.

Другие сектора также получали новые помещения, расширяли старые. Лишь за период 1961–1965 годов общая производственная площадь всех экспериментальных цехов объекта выросла на 16 процентов, а численность единиц основного оборудования — на 14.

Большое внимание Борис Глебович уделял вопросам соблюдения режимных требований. Рассказывает С. Ф. Жмулев: «С 1957 года физическая охрана зон, зданий, сооружений и хранилищ, осуществляемая дивизией МВД, активно усиливалась или заменялась техническими средствами. В частности, сигнализацией были оборудованы периметры локальных зон и вся семидесятикилометровая городская зона.

Хранилища изделий, спецматериалов, совершенно секретных и особой важности документов были оснащены двумя-тремя рубежами различной сигнализации, а контрольно-пропускные пункты — полуавтоматическими или механическими кабинами. В результате численность личного состава дивизии была значительно сокращена. Была организована охрана воздушного пространства над городом силами и средствами подразделения войск ПВО. Его ракеты располагались на четырех площадках вокруг периметра городской зоны».

Особого упоминания заслуживает история строительства зданий для математиков и теоретиков. Девятиэтажный корпус, который вместил основные силы двух физико-теоретических и математического отделений (слившись, они образовали в 2001 году Институт теоретической и математической физики), был возведен в начале 1970-х годов. Но именно в шестидесятые годы был дан решающий толчок развитию вычислительных мощностей КБ-11. В результате очень скоро машинный парк ядерного центра занял лидирующее положение среди организаций подобного профиля в стране. И сохраняет его и сегодня.

До 1957 года все вычислительные работы в математическом секторе объекта велись на арифмометрах и настольных электромеханических машинках. В 1957 году, уже в период директорства Музрукова, была запущена первая ЭВМ — ламповая «Стрела». Затем появилась машина «Урал», которая не сыграла заметной роли в работе математиков КБ-11. В 1959 году специалисты-машинники ввели в эксплуатацию ЭВМ М-20. Вскоре таких машин стало три. В 1966 году начался этап освоения полупроводниковых ЭВМ: БЭСМ-3 и БЭСМ-4. В апреле 1967 года была запущена первая БЭСМ-6. Через десять лет в математическом секторе их работало уже девять.