В тот год в Кремле началось активное переустройство. Первым делом решили снести самые древние монастыри: Чудов и Вознесенский. Они не считались тогда большой исторической ценностью. А на их месте задумали возвести новые здания некоего советского «классицизма». Что с успехом было спроектировано архитектором Рербергом, а затем и осуществлено, быстро и безжалостно.

В те дни заведующий памятниками Кремля искусствовед Н. Н. Померанцев и архитектор памятников Кремля Д. Н. Сухов обратились с заявлением к наркому просвещения А. В. Луначарскому: «В среду 5 июня 1929 года комендантом Кремля тов. Петерсоном было сделано словесное распоряжение об освобождении от музейных вещей в недельный срок помещений бывших Чудова и Вознесенского монастырей в Кремле в связи со сносом указанных древних зданий для постройки на этом месте здания Военной школы ВЦИК». Они обосновали историческую и культурную (о духовной и говорить было нельзя) ценность Вознесенского и Чудова монастырей. Приложили также записку архитекторов А. В. Щусева, И. В. Жолтовского, И. А. Фомина, И. И. Машкова, где было отмечено, что «уничтожение указанных частей Кремля будет равносильно окончательной, непоправимой гибели и уничтожению Московского Кремля как памятника искусства мирового значения».

Но летом 1929 года приступили к разборке зданий обителей. Оставалось только спасать оставшееся. Учёные стали делать обмеры, производить фотографирование, составлять описание древних стенописей, обследовать и вывозить (фактически выносить) гробницы из Вознесенского собора. Спасали его иконостас, который успели демонтировать, и он сохранился, переведённый в церковь Двенадцати Апостолов.

Благодаря усилиям Н. Н. Померанцева, приглашённого им историка, сотрудника музея В. И. Иванова, и Д. Н. Сухова удалось сохранить белокаменные саркофаги с останками женщин-правительниц Руси. Тогда, в августе — декабре 1929 года, была спасена от варварского уничтожения гробница с мощами преподобной Евфросинии Московской. Была создана комиссия для изучения и сохранения некрополя Вознесенской обители, которую возглавлял замдиректора Оружейной палаты В. К. Клейн. Когда вскрыли полы в Вознесенском соборе, то увидели намного большее количество гробниц, чем это наблюдалось визуально. Всего их было найдено почти шестьдесят! Ручным способом белокаменные саркофаги весом до двух тонн перевезли в Архангельский собор.

Разместить некрополь было негде. Поэтому выбрали подвальную часть собора — Судную палату, тут их и укрыли, с глаз долой от тех, кому это не по душе. Саркофаги опускали в подвал через пролом в стене, иного способа не было.