Считается, что комиссия закончила работу к лету 1654 года из-за случившегося мора и войны (об этих обстоятельствах также сказано в вышеупомянутом предисловии). Но, по нашему предположению, она продолжала работу как минимум до конца 1654 года (или до начала 1655 года), хотя бы потому, что её работа была закрыта в результате мора, а не потому, что он ещё только предполагался. Ведь мор (моровое поветрие, чума) начался на Руси только в августе 1654 года, а пик его пришёлся на осень. Работа до мора не могла быть закончена, так указано в предисловии.

Эпидемия захватила Москву, а также Звенигород и Саввин монастырь. Есть сведения, что в Москве погибло до 300 тысяч человек. Война с Польшей в некотором роде спасла самого царя, так как он уехал из Москвы сначала в Калязин, а затем в район военных действий под Смоленск. Ему докладывали: «Моровое поветрие умножилось... Многие лежат больные, а иные разбежались... А приказы, государь, запреты, дьяки и подьячие все померли... а мы холопы тоже ожидаем себе смертного посещения с часу на час». В одном месте упоминалось, что в Звенигороде осталось в живых около 37 жителей (похоже на сильное преувеличение).

А о Саввино-Сторожевском монастыре известен отзыв самого Алексея Михайловича (записано Павлом Алеппским), который сетовал, что там из более чем 300 монахов осталось менее 170. В результате царь построил здесь палаты для больной братии, нечто вроде монастыря в монастыре.

Где был в это время старец монастыря Александр Мезенец? Быть может, в Москве, где работала комиссия, где-то на Печатном дворе. Возможно, он находился на московском подворье Саввино-Сторожевского монастыря. Или даже в самом монастыре. Во всяком случае, старец просто чудом уцелел, и ему удалось пережить эту ужасную трагедию глобальной эпидемии.

Однако работа Первой комиссии (хотя тогда ещё никто не ведал, что возможна Вторая) была прекращена. Хотя поиски в сфере реформ церковного пения продолжались. Известен факт, что в 1656 году царь отправил послов в Киев за старцем Печерской лавры Иосифом Загвойским «для начальства партесному пению». Однако Иосиф «не был сыскан» (предполагается, что монах просто скрылся, ибо не хотел отправляться в Москву). И в некотором роде революционное событие — активизация партесного многоголосия в русских церквях — в это время так и не свершилось.

Теперь о работе А. Мезенца во Второй комиссии по исправлению крюковых нот.

Большой Московский Собор 1666—1667 годов окончательно постановил: «гласовное пение пети на речь», а также, чтобы «пение бы пели в домех чинно и единогласно, якоже и в соборней церкви поётся, а без священника в домех и церквах пения не лети и не начинати...». Такого рода приведение пения к единогласию показывало также и усилившуюся борьбу с возникающим движением «старообрядцев», не желающих подчиняться реформам Никона и уже тогда устраивавших службы не в церквях, а на дому.