Организацию управления военным и морским духовенством в мирное время нельзя было признать совершенной. Во главе ведомства стоял протопресвитер, облеченный полнотой власти. При нем состояло Духовное правление – то же, что Консистория при епархиальном архиерее. С 1912 г. протопресвитеру дан был помощник, в значительной степени облегчивший ему канцелярскую работу. Но ни помощник, ни Духовное правление не могли быть посредниками между протопресвитером и подчиненным ему, разбросанным по всей России, духовенством. Такими посредниками являлись дивизионные и местных церквей благочинные. Их было не менее ста, и рассеяны они были по разным российским уголкам. Возможностей для частного и личного общения их с протопресвитером не представлялось. Объединять их деятельность, направлять их работу и контролировать их было нелегко. Протопресвитеру нужно было обладать чрезвычайной энергией и необыкновенной подвижностью, чтобы самому лично и на месте проверять работу всех своих подчиненных.

Переработанное после Русско-японской войны и высочайше утвержденное Положение открывало возможность лучшей организации управления военным духовенством в военное время. Оно учреждало:

1) главных священников фронта, каждый из которых, находясь в полном подчинении протопресвитеру, должен был объединять деятельность духовенства данного фронта; 2) священников при штабах армий, которым, по недоразумению, не отводилось никакой другой работы, кроме совершения богослужений при штабе армии.

Но и такая конструкция управления оказалась несовершенной. Начало дополнению Положения дал сам государь, при сформировании штаба Верховного Главнокомандующего, повелевший на время войны находиться при этом штабе протопресвитеру. Дальнейшие коррективы были сделаны протопресвитером, за которым практикою закрепилось право самолично, без утверждения высшими инстанциями, учреждать новые должности по своему ведомству, раз они не требовали расходов от казны. Таким образом, были учреждены должности: 1) гарнизонных благочинных в пунктах, где имелось несколько священников;

2) благочинных запасных госпиталей, каковые должности были возложены на священников при штабах армий. В 1916 г., с высочайшего утверждения, были учреждены особые должности армейских проповедников, по одному на каждую армию, на которых была возложена обязанность беспрерывно объезжать, проповедуя, воинские части своей армии. На должности проповедников были избраны самые выдающиеся духовные ораторы. Состоявший при штабе Северного фронта английский полковник (ныне генерал) Нокс считал гениальной идею учреждения должностей армейских проповедников. Наконец, главным священникам фронтов было предоставлено право пользоваться священниками при штабах армий, как своими помощниками по наблюдению за деятельностью духовенства.