Боязнь распада империи была не единственной причиной незавершённости реформ — в стране ещё отсутствовало активное общественное движение, способное «подтолкнуть» правящие круги к их продолжению.

Эйфория «эмансипации», надежды на быстрое преодоление хозяйственной и культурной отсталости прошли; реализация реформ приносила разочарование — ломка традиционного уклада жизни была болезненной для всех слоёв общества. С одной стороны, дворянство в своих собраниях и земствах выступало с критикой правительственного курса. С другой стороны, появились молодые радикалы-«нигилисты», отрицавшие образ жизни предшествовавшего поколения: «Наши отцы были стяжателями, ворами, тиранами и эксплуататорами крестьян». Студенты, гимназисты, семинаристы, стриженые барышни-курсистки активно протестовали против светских манер и приличий, бесправия, казённой системы преподавания. Эти горячие головы требовали всего и сразу. Рядом с идейными противниками режима появились эмансипированные карикатуры. В Третье отделение поступило донесение: «Приказчик из магазина Исакова надул при публике “гондон”, а полиции заявил, что его мать — нянька у великого князя Николая Николаевича... о том, как с ним поступила полиция, [он] сообщит Герцену для напечатания в “Колоколе”».

К политическим сложностям добавилась трагедия в царской семье: в апреле 1865 года на 22-м году жизни скончался наследник Николай Александрович.

Спустя год студент Дмитрий Каракозов в Летнем саду выстрелил в гуляющего царя. Неудавшееся покушение вызвало волну арестов и подъём верноподданнических чувств. Оказавшийся рядом с Каракозовым и якобы помешавший ему прицелиться костромской крестьянин Осип Комиссаров стал спасителем Отечества и настоящей «звездой»; его произвели в дворяне с фамилией Комиссаров-Костромской, подарили квартиру на Невском проспекте, срочно обучили манерам для присутствия на светских мероприятиях, осыпали ценными подарками, в родном селе ему поставили памятник, а снимки героя шли нарасхват — к фотографам записывались в очередь... Тогда же в России впервые появились телохранители «первого лица» — «охранная стража его императорского величества». Сам же Александр II, «царь-освободитель», был поражён тому, что стрелял в него русский дворянин. С тех пор окружающие часто слышали от него сетования на людскую неблагодарность.

Начавшиеся репрессии увеличивали число недовольных и служили аргументом для тех, кто не желал продолжения реформ. Начальником Третьего отделения стал граф П. А. Шувалов, министром народного просвещения — обер-прокурор Синода граф Д. А. Толстой; оба — противники преобразований. Хотя создание земств и городских дум, легальных общественных организаций, относительная свобода прессы, увеличение числа интеллигенции свидетельствовали о формировании в стране гражданского общества, Александр II, много сделавший для того, чтобы оно появилось, в то же время не считал возможным привлечь его к управлению государством. Радикального пересмотра внутриполитического курса не произошло.