В начале царствования по стране прокатилась волна еврейских погромов. «В глубине души я всегда рад, когда бьют евреев. И всё-таки не надо допускать этого», — сказал Александр III варшавскому генерал-губернатору И. В. Гурко. «Временные правила о евреях» 1882 года запрещали им селиться в сельской местности, торговать по воскресеньям и в христианские праздники, приобретать недвижимое имущество вне местечек и городов и арендовать земельные угодья. Их выселяли в черту оседлости (только из Москвы были выселены 20 тысяч евреев); для них была установлена процентная норма в средних и высших учебных заведениях (в черте оседлости — 10 процентов, вне черты — 5, в столицах — 3 процента). В 1892 году евреям было запрещено занимать должности директоров городских общественных банков. В 1893 году в уставы бирж и кредитных обществ были внесены дополнения, в соответствии с которыми «число членов биржевого комитета из нехристиан не должно превышать одной трети общего числа членов, а председатель комитета должен быть из христиан».

Но при всей симпатии государя к старым добрым дореформенным временам вернуться к ним было невозможно — в стране происходили принципиальные социально-экономические изменения: «раскрестьянивание» мужика, «оскудение» дворянства, промышленный переворот, урбанизация. Великие реформы и экономический рывок способствовали социально-экономическому и культурному развитию национальных окраин. Охранительная политика в образовании не смогла воспитать верноподданных; гимназист Володя Ульянов как раз в это время радовал родителей успеваемостью: «Из латыни — 5, из греческого — 5», но пошёл, как известно, «другим путём».

Став императором, Александр III стремился поднять авторитет власти и добился существенных успехов: государственный бюджет, в течение многих лет остававшийся дефицитным, в период его правления был сбалансирован; за счёт внешней торговли и заграничных займов удалось накопить запасы золота, позволившие к концу XIX века ввести в России денежное обращение на системе золотого стандарта.

В 1891 году Александр III подписал рескрипт: «Повелеваю ныне приступить к постройке сплошной через всю Сибирь железной дороги, имеющей целью соединить обильные дарами природы Сибирские области с сетью внутренних рельсовых сообщений». Началось строительство Транссиба, на котором одновременно было задействовано 100 тысяч рабочих. В среднем прокладывалось около 740 вёрст в год — это высокие темпы даже для современного строительства, несмотря на то, что тогда работы производились вручную, а вести дорогу приходилось по тайге и горам, пересекая большие и малые реки. Общая протяжённость железнодорожных путей на 1 января 1881 года составляла 21 226 вёрст (без Финляндии), а спустя 13 лет выросла до 33 869 вёрст.