В записной тетради к «Братьям Карамазовым» Достоевский также отметил положительные черты Ивана Карамазова по сравнению с большинством современных атеистов: «Черт. (Психологическое и подробное критическое объяснение Ив(ана) Федоровича и явления черта.) Ив(ан) Фед(орович) глубок, это не современные атеисты, доказывающие в своем неверии лишь узость своего мировоззрения и тупость тупеньких своих способностей… Нигилизм явился у нас потому, что мы все нигилисты. Нас только испугала новая, оригинальная форма его проявления. (Все до единого Федоры Павловичи)… Совесть без Бога есть ужас, она может заблудиться до самого безнравственного… Инквизитор уже тем одним безнравствен, что в сердце его, в совести его могла ужиться идея о необходимости сожигать людей… Инквизитор и глава о детях. Ввиду этих глав вы бы могли отнестись ко мне хотя и научно, но не столь высокомерно по части философии, хотя философия и не моя специальность. И в Европе такой силы атеистических выражений нет и не было. Стало быть, не как мальчик же я верую во Христа и его исповедую, а через большое горнило сомнений моя осанна прошла, как говорит у меня же, в том же романе, черт».

Бердяев писал об образе Ивана Карамазова в «Духах русской революции» через год после того, как в России после большевистской революции был провозглашен государственный атеизм: «Философом русского нигилизма и атеизма является Иван Карамазов. Он провозглашает бунт против Бога и против Божьего мира из очень высоких мотивов, – он не может примириться со слезинкой невинно замученного ребенка. Иван ставит Алеше вопрос очень остро и радикально: «Скажи мне сам прямо, я зову тебя, отвечай: представь, что это ты сам возводишь здание судьбы человеческой с целью в финале осчастливить людей, дать им, наконец, мир и покой, но для того необходимо и неминуемо предстояло бы замучить всего лишь одно только крохотное созданьице, вот того самого ребеночка, бившего себя кулачонком в грудь, и на неотомщенных слезках его основать это здание; согласился бы ты быть архитектором на этих условиях?» Иван ставит тут вековечную проблему о цене истории, о допустимости тех жертв и страданий, которыми покупается создание государств и культур. Это вопрос русский по преимуществу, проклятый вопрос, который русские мальчики предъявили всемирной истории. В вопрос этот был вложен весь русский моральный пафос, оторванный от религиозных истоков. На вопросе этом морально обосновался русский революционно-нигилистический бунт, который и провозглашает Иван. «В окончательном результате я мира этого Божьего – не принимаю, и хоть и знаю, что он существует, да не допускаю его вовсе. Я не Бога не принимаю, я мира, им созданного, мира-то Божьего не принимаю и не могу согласиться принять». «Для чего признавать это чертово добро и зло, когда это столького стоит? Да ведь весь мир познания не стоит тогда этих слезок ребеночка к Боженьке». «От высшей гармонии совершенно отказываюсь. Не стоит она слезинки хотя бы одного только того замученного ребенка, который бил себя кулачком в грудь и молился в зловонной конуре своей неискупленными слезками своими к Боженьке… Я не хочу, чтобы страдали больше. И если страдания детей пошли на пополнение той суммы страданий, которые необходимы были для покупки истины, то я утверждаю заранее, что вся истина не стоит такой цены… Не хочу гармонии, из-за любви к человечеству не хочу… Да и слишком дорого оценили гармонию, не по карману нашему вовсе столько платить за вход. А потому свой билет на вход спешу возвратить обратно… Не Бога я не принимаю, а только билет Ему почтительнейше возвращаю». Тема, поставленная Иваном Карамазовым, сложна, и в ней переплетается несколько мотивов. Устами Ивана Карамазова Достоевский произносит суд над позитивными творениями прогресса и над утопиями грядущей гармонии, воздвигнутой на страданиях и слезах предшествующих поколений. Весь прогресс человечества и все грядущее его совершенное устройство ничего не стоят перед несчастной судьбой каждого человека, самого последнего из смертных. В этом есть христианская правда. Но острие вопроса, поставленного Иваном, совсем не в этом. Он ставит вопрос свой не как христианин, верующий в божественный смысл жизни, а как атеист и нигилист, отрицающий божественный смысл жизни, видящий лишь бессмыслицу и неправду с ограниченной человеческой точки зрения. Это – бунт против божественного миропорядка, непринятие человеческой судьбы, определенной Божьим промыслом. Это – распря человека с Богом, нежелание принять страдание и жертвы, постигнуть смысл нашей жизни как искупление. Весь бунтующий ход мыслей Ивана Карамазова есть проявление крайнего рационализма, есть отрицание тайны человеческой судьбы, непостижимой в пределах и границах этого отрывка земной, эмпирической жизни. Рационально постигнуть в пределах земной жизни, почему был замучен невинный ребенок, невозможно. Самая постановка такого вопроса – атеистична и безбожна. Вера в Бога и в Божественный миропорядок есть вера в глубокий, сокровенный смысл всех страданий и испытаний, выпадающих на долю всякого существа в его земном странствовании. Утереть слезинку ребенка и облегчить его страдания есть дело любви. Но пафос Ивана не любовь, а бунт. У него есть ложная чувствительность, но нет любви. Он бунтует потому, что не верит в бессмертие, что для него все исчерпывается этой бессмысленной эмпирической жизнью, полной страданий и горя. Типичный русский мальчик, он принял западные отрицательные гипотезы за аксиомы и поверил в атеизм.