Иван хоть и атеист, но душа метущаяся, ищущая правды и вовсе не потерянная для Бога. Поэтому Достоевский и вложил в его уста Легенду о Великом инквизиторе – самую драгоценную для него часть романа.

30 апреля 1879 года, еще не кончив и не отправив в редакцию пятой книги «Pro и contra», содержащей Легенду о Великом инквизиторе, Достоевский характеризует ее в письме к Любимову как «кульминационную точку романа». Ту же оценку в более развернутом виде он повторил в письме от 10 мая 1879 года: «В том… тексте, который я теперь выслал, я изображаю лишь характер одного из главнейших лиц романа, выражающего свои основные убеждения. Эти убеждения есть именно то, что я признаю синтезом современного русского анархизма. Отрицание не Бога, а смысла его создания. Весь социализм вышел и начал с отрицания смысла исторической действительности и дошел до программы разрушения и анархизма. Основные анархисты были, во многих случаях, люди искренно убежденные. Мой герой берет тему, по-моему неотразимую: бессмыслицу страдания детей – и выводит из нее абсурд всей исторической действительности. Не знаю, хорошо ли я выполнил, но знаю, что лицо моего героя в высочайшей степени реальное».

К разъяснению смысла глав «Бунт» и «Великий инквизитор» Достоевский вернулся 19 мая в письме к К.П. Победоносцеву. Здесь он повторил: «…эта книга в романе у меня кульминационная, называется «Pro и contra», a смысл книги: богохульство и опровержение богохульства. Богохульство-то вот это закончено и отослано, а опровержение пошлю лишь на июньскую книгу. Богохульство это взял, как сам чувствовал и понимал, сильней, то есть так именно, как происходит оно у нас теперь в нашей России у всего (почти) верхнего слоя, а преимущественно у молодежи, то есть научное и философское опровержение бытия Божия уже заброшено, им не занимаются вовсе теперешние деловые социалисты (как занимались во все прошлое столетие и в первую половину нынешнего). Зато отрицается изо всех сил создание Божие, мир Божий и смысл его. Вот в этом только современная цивилизация и находит ахинею. Таким образом льщу себя надеждою, что даже и в такой отвлеченной теме не изменил реализму. Опровержение сего (не прямое, то есть не от лица к лицу) явится в последнем слове умирающего старца. Меня многие критики укоряли, что я вообще в романах моих беру будто бы не те темы, не реальные и проч. Я, напротив, не знаю ничего реальнее именно этих вот тем…»

В письме Н.А. Любимову от 11 июня 1879 года, отсылая окончание пятой главы книги «Рго и contra» («Великий инквизитор»), Достоевский пояснял: «В ней закончено то, что «говорят уста гордо и богохульно». Упоминание об устах, говорящих «гордо и богохульно», – это цитата из Апокалипсиса, где, в частности, рассказывается о страшном фантастическом звере: «И дивилась вся земля, следя за зверем, и поклонились дракону, который дал власть зверю, и поклонились зверю, говоря: кто подобен зверю сему? и кто может сразиться с ним? И даны были ему уста, говорящие гордо и богохульно… И отверз он уста свои для хулы на Бога, чтобы хулить имя его, и жилище его, и живущих на небе».