1940 — завершил работу над плафоном «Кросс красноармейцев» для буфета Театра Красной армии в Москве. Избран в правление Московского союза художников. Создал картину «Никитка — первый русский летун».
1940
1941 — создал картину «Окраина Москвы». После начала Великой Отечественной войны работал как плакатист для «Окон ТАСС».
1941
1942 — вместе с Г. Нисским выезжал на фронт под город Юхнов. Создал картину «Оборона Севастополя».
1942
1943 — на станциях метро «Павелецкая» и «Новокузнецкая» установлены мозаики Дейнеки на тему «Железнодорожная магистраль Москва — Донбасс».
1943
1944 — пишет «Портрет Мирель Шагинян» и «Парашютный десант на Днепре», «Раздолье» и «В оккупации».
1944
1945 — назначен директором Московского института прикладного и декоративного искусства (МИПИДИ). Командирован в Берлин вместе с П. Соколовым-Скаля.
1945
1946 — присвоено звание профессора по кафедре монументальной живописи МИПИДИ. Купил дачу в поселке Пески в Коломенском районе Московской области.
1946
1947 — посетил Австрию вместе с С. Герасимовым. Утвержден в звании действительного члена Академии художеств СССР. Создает картины «Бой амазонок» и «Эстафета по кольцу Б».
1947
1948 — решением Секретариата ЦК ВКП(б) снят с поста директора МИПИДИ, расстался с Серафимой Лычевой. Написал картину «Автопортрет».
1948
1949 — создал картины «На просторах подмосковных строек», «Гладиолусы с рябиной», мозаику «Утро».
1949