В интересах объединения единым замыслом деятельности органов контрразведки «Смерш» фронтов и Тихоокеанского флота при Ставке Главкома на Дальнем Востоке была развернута Оперативная группа ГУКР «Смерш» НКО во главе с заместителем начальника ГУКР «Смерш» генерал-лейтенантом И. Я. Бабичем.

В целях усиления подразделений контрразведки «Смерш» на Дальнем Востоке по указанию начальника ГУКР «Смерш» генерал-полковника В. С. Абакумова из других органов «Смерш» было командировано 510 фронтовых контрразведчиков, имевших опыт проведения агентурно-оперативной и следственной работы в боевой обстановке.

Необходимо отметить, что к началу войны с Японией органы контрразведки «Смерш» приобрели значительный опыт организации и ведения контрразведывательной деятельности во фронтовых условиях.

В частности, работа по контрразведывательному обеспечению наступательных операций советских войск приобрела достаточно стройную систему, которая позволяла оказывать эффективную помощь органам военного управления. Она включала в себя:

– зафронтовую контрразведывательную деятельность, предполагавшую разработку разведывательно-диверсионных органов противника, разного рода антисоветских организаций, проводивших враждебную деятельность против СССР под руководством спецслужб противника;

– подготовку оперативно-разыскных групп, направляемых вместе с передовыми отрядами Красной армии в освобождаемые города и другие населенные пункты для захвата сотрудников разведывательных, контрразведывательных, полицейских органов, их агентуры и пособников противника;

– организацию и ведение разыскной, фильтрационной и следственной работы в местах содержания военнопленных армии противника, изменников Родине, дезертиров, невозвращенцев из числа граждан СССР;

– выявление недостатков в подготовке войск к предстоящим боевым действиям, обеспечение режима секретности, соблюдения правил скрытного управлениям войсками при планировании боевого применения войск.

В подготовительный период оперативной группой ГУКР «Смерш» на основе имевшихся материалов, а также данных, полученных от территориальных органов НКГБ, пограничных войск НКВД СССР, были проанализированы и оценены сведения о деятельности японских разведорганов против СССР на Дальнем Востоке. По результатам было доложено 25 июля 1945 г. в ГУКР «Смерш» НКО. Отмечалось, что японские разведорганы в Маньчжурии активизировали свою деятельность по переброске шпионов в районы дислокации воинских частей и соединений, расположенных на Дальнем Востоке.

Активность характеризовалась значительным увеличением числа нарушителей государственной границы со стороны Маньчжурии, большая часть которых направлялась со специальными заданиями шпионского характера. Из общего числа нарушителей границы на участке двух фронтов и Приморской группы войск во втором квартале 1945 г. было разоблачено 110 агентов японских разведорганов, тогда как в первом квартале 1945 г. было выявлено 44 агента.