Н. И. Подвойский развернул оперативную карту, и через минуту они уже углубились в разработку плана предстоящих действий фронта.

Командующим Урало-Оренбургским фронтом Н. И. Подвойский, по настоянию местных большевиков, назначил В. В. Яковлева. К руководству войсками он также привлек бывшего рабочего, большевика, командира Восточного отряда по борьбе с мятежом атамана Дутова — В. К. Блюхера. Впоследствии Блюхер стал кавалером ордена Красного Знамени № 1, одним из первых Маршалов Советского Союза. На руководящие военные должности были назначены также С. А. Анучин. В. Н. Блохин, А. Ф. Каменский, И. М. Малышев и другие.

Организацию боевых действий созданных фронтов и участков Н. И. Подвойский начал с того, что установил простую структуру подчиненности войск и добился четкого выполнения приказов. Для этого он направил в каждый штаб членов ВВИ. Исполнительская дисциплина сразу расширила возможности маневрирования силами, и это позволило в известной мере воздействовать на боевую обстановку.

Основные силы ВВИ Н. И. Подвойский бросил на создание резервов — новых подразделений и частей. Для ускорения этой работы Николай Ильич, взяв на себя ответственность, приказал объявить воинскую повинность, а также призвать военных специалистов и бывших унтер-офицеров. Инспектора ВВИ с раннего утра и до 2–3 часов ночи налаживали работу только что созданных военкоматов, помогали осуществлять призыв, формировать новые подразделения и части, организовывали в них партийно-политическую работу и начальное военное обучение. Даже солдаты пулеметной команды и роты Образцового советского полка из поезда ВВИ были задействованы в качестве инструкторов для обучения новобранцев. Днем в поезде ВВИ оставались лишь оперативная группа и караул.

Как профессиональный партийный работник, II И. Подвойский проявлял особую заботу о коммунистическом воспитании красноармейцев, поддержании высокого морального духа советских войск. Он требовал, чтобы партийно-политическая работа в войсках шла непрерывно и осуществлялась в тех формах и теми методами, которые наиболее полно соответствовали сложившейся обстановке. В июне ВВИ создала на Северо-Урало-Сибирском фронте первый в Советских Вооруженных Силах политический отдел. К весне 1919 года политические отделы были созданы почти во всех дивизиях и армиях. С тех пор и до наших дней политотделы являются руководящими партийными органами КПСС в Советских Вооруженных Силах.

Работа Н. И. Подвойского в Уфе и в районах боевых действий была настолько напряженной, что он лишь через десять дней после приезда выкроил время, чтобы съездить в находившуюся поблизости Мидовскую коммуну-колонию петроградских детей, где работала Нина Августовна, где были и дети Подвойских. Свидание с семьей было коротким. Бои шли уже недалеко. Как будут дальше развиваться события, ни Николай Ильич, ни Пина Августовна знать не могли.