Спешное инспектирование, срочные задания выработали у Николая Ильича такие замечательные качества, как способность мыслить широко, быстро схватывать и всесторонне оценивать ситуацию, находить эффективные, подчас неожиданные решения. Подвойский являл собой пример партийного работника с постоянной жаждой совершенствования, его отличало творческое отношение к порученному ему делу. Так, объезжая фронты, прифронтовые районы, он увидел, что полупартизанское самоснабжение военных частей продовольствием и фуражом обостряет отношения местного населения и Красной Армии. Под его руководством Высшая Военная Инспекция разработала четкую систему и создала органы централизованного снабжения войск Южного фронта. Этот опыт потом был распространен на другие фронты. Н. И. Подвойский был одним из инициаторов создания единого органа руководства боевой деятельностью Красной Армии — Реввоенсовета Республики. Именно по его инициативе многочисленные воинские части, выполнявшие специальные задачи в различных ведомствах, были переданы в ведение Наркомвоена и превращены в штатные боевые единицы. Он внес много других предложений, направленных на совершенствование военной организации Советского государства. Благодаря Н. И. Подвойскому Высшая Военная Инспекция стала не только контролирующим, но и созидательным органом, критически и творчески анализирующим накопленный опыт, ищущим пути улучшения военного дела.

…Работа поглощала Николая Ильича целиком. В работе он забывался, гасил свою постоянную боль, вызванную тревогой о жене и детях. Лева стал любимцем ВВИ. Многим он напоминал о собственных семьях. Поэтому пулеметчики с удовольствием рассказывали ему, как устроен пулемет. В типографии показывали, как работает печатная машина. Он уже знал устройство винтовки. Нередко Лева увязывался с отцом во время объездов частей. Но чаще, возвратившись в вагон, Николай Ильич заставал сына спящим. Он осторожно вынимал из стола две коротенькие записочки, полученные от Нины Августовны еще до захвата белочехами Уфы. «Будь построже с Левой насчет внутренней и внешней опрятности, — писала она. — Следи, чтобы он был чисто, аккуратно, со вкусом одет. Купи ему матросскую синюю шапку, синие штаны, подтяжки непременно… Скучаю мучительно. Скажи это Леве… желаю тебе большого успеха… крепко поцелуй Леву. Скажи, чтобы помнил свою маму. Прощай». И больше никаких вестей! Николай Ильич не знал, что Нина Августовна с младшей дочерью в тюрьме; не знал, что посланцы Я. М. Свердлова добрались до подпольщиков Уфы…

«Однажды ночью, — вспоминала старшая дочь Подвойских Ольга Николаевна, — нас разбудили, одели и предупредили, чтобы мы не шумели, и куда-то повели. Пройдя парк, мы увидели запряженных лошадей. Нас посадили на телегу, и только тут мы увидели нашу маму… Говорили очень тихо, чтобы отъезд не заметили. Мы тронулись. Мама уложила нас спать, и мы скоро уснули. Ехали мы через степь к Волге долгих три дня. У города Мензелинска пересели на пароход. Добрались до Казани. Но и на Казань уже наступали белые. Втиснулись мы с мамой в какой-то битком набитый вагон и поехали куда-то дальше». Так это виделось старшей десятилетней Олесе. Младшие Лида и Ниночка и этого не восприняли. А ситуация была тяжелейшей. И Нина Августовна понимала, что надеяться ей надо только на себя. на свою волю, на свое упорство, да и на счастливый случай. Но разбитым дорогам гражданской войны, в переполненных до отказа вагонах, без хлеба, без денег, без документов она долгие недели упорно пробивалась на юго-запад. Туда, где гремел белоказачий фронт. Неизвестно, почему она не поехала от Казани прямо на Москву — кратчайшим путем. Скорее всего она каким-то образом узнала, что Николай Ильич на Южном фронте. И вот однажды в Балашове в поисках питьевой воды она вышла на платформу и увидела матроса, знакомого еще по революционному Петрограду. Матрос оказался из… охраны поезда Высшей Военной Инспекции, которая ночью приехала в Балашов. Поезд ВВИ стоял рядом, на запасных путях. Новость была ошеломляющей. Силы покинули Нину Августовну. Она качнулась, но крепкие матросские руки поддержали ее.