Н. И. Подвойский решительно отказался ехать на лечение в Москву. Отлежавшись дня три, он вновь включился в работу — костыли не очень мешали ему руководить Инспекцией. Лишь в конце сентября, когда был сформирован РВС Южного фронта, Николай Ильич вместе с выполнившей свою задачу ВВИ с разрешения Центра вернулся в Москву. Вернулся полный новых планов и идей.

3 октября 1918 года Н. И. Подвойский участвовал в работе объединенного заседания ВЦИК, на котором Я. М. Свердлов зачитал письмо В. И. Ленина о необходимости удесятерить усилия по созданию Красной Армии. «Мы решили иметь армию в 1 000 000 человек к весне, — писал Владимир Ильич, — нам нужна теперь армия в три миллиона человек. Мы можем ее иметь. И мы будем ее иметь», Н. И. Подвойский сразу же и без иллюзий оценил всю грандиозность и сложность поставленной задачи. Как всегда в подобных случаях, Николай Ильич стал обдумывать свое место и роль возглавляемой им организации — ВВИ — в ее решении. Задача создания трехмиллионной армии захватила его, стала стержневой.

Несмотря на загруженность (ведь Н. И. Подвойский был еще и членом РВСР, активно работал в Совете Обороны), Николай Ильич вместе с группой политработников ВВП приступил к разработке программы формирования трехмиллионной армии. Об этой программе он, видимо, беседовал с В. И. Лениным, потому что именно в это время В. И. Ленин поручил Николаю Ильичу регулярно информировать его о Красной Армии.

19 октября программа была готова. Н. И. Подвойский изложил ее содержание Московскому комитету партии и в тот же день направил в ЦК РКП(б). 22 или 23 октября В. И. Ленин получил от Н. И. Подвойского «Программу работ Коммунистической партии по созданию трехмиллионной армии» и доклад «Формирование трехмиллионной армии».

Задания на разработку этих важнейших документов Н. И. Подвойскому никто не давал. Но он не мог сидеть сложа руки, если видел, что задача назрела.

В процессе работы над программой развертывания армии Н. И. Подвойский особенно много думал о военкоматах. Им предстояло осуществить небывалую по масштабам мобилизационную работу. Созданные весной 1918 года в преддверии введения воинской повинности, они по структуре, штатам, методам работы были рассчитаны на условия того времени. На Урале и на Южном фронте, когда приходилось осуществлять спешные и напряженные мобилизации, они задыхались. Высшей Военной Инспекции это было известно не по отчетам — она сама в этих случаях вливалась в военкоматы и обеспечивала решение задач. Николай Ильич посоветовался со специалистами ВВИ. Они подтвердили его мысль: военкоматы нуждаются в реформе. Но в наркомате, в частности, во Всероссийском главном штабе это предложение поддержки не нашло. Сдававший дела начальника Всероглавштаба А. А. Свечин сказал: