Такое настроение некоторых крупных чиновников передалось и Николаю II. Во время представления ему Кони в 1896 году император выразил сомнение, дадут ли обер-прокурору возможность его «прямые служебные обязанности читать… в университете курс судебной этики». В другой раз царь «со свойственным Романовым лукавством», упомянув, что читал в газетах о предстоящей публичной лекции Кони в зале генерал- прокурорского дома, спросил, в чью пользу и о чем намерен Анатолий Федорович говорить, хотя в той же газете сообщалось, что лекция состоится в пользу благотворительного общества судебного ведомства. А тема ее — творчество Горбунова.

Монаршее недоумение не повлияло на решимость Кони продолжать публичные выступления и литературную деятельность. Больше того — при каждой новой встрече с Николаем II, задававшим один и тот же вопрос: «Что вы теперь пишете и что теперь интересного в Сенате или Совете?», Кони присоединял к ответу «по возможности, яркое и сильное указание на ненормальные явления и безобразия нашей внутренней жизни и законодательства». Он даже подарил императору свои книги о Ровинском и о докторе Гаазе, посвятившем всю свою жизнь борьбе за облегчение крайних по своей жестокости условий содержания заключенных в русских тюрьмах.

Муравьев, бывший в то время министром юстиции, писал Кони: «Милостивый государь Анатолий Федорович. Государь император, благосклонно приняв поднесенный мною Его Величеству, в 18 день сего января, экземпляр Вашей книги «Федор Петрович Гааз», Высочайше повелеть соизволил благодарить Вас за означенное поднесение.

Объявляя Вашему Превосходительству о таковой монаршей милости, прошу принять уверения в совершенном моем почтении и преданности.

Н. Муравьев».

«Совершенное почтение и преданность» Муравьева выразились еще и в том, что он вместе с министром внутренних дел Плеве запретили Кони читать курс лекций в Петербургском университете. Муравьев написал Плеве, что «признает невозможным разрешение в настоящее время лекций о нравственных началах в уголовном процессе».

Растрачивать свои силы и дарование на борьбу с малодостойными чиновниками, ощущать каждый день плохо скрытое недоброжелательство и мелкие уколы Кони не желал. Вся горечь, копившаяся годами в его душе, вылилась в новое прошение об отставке.

«28. XI. 1896 г. Сегодня я подал в отставку от должности Обер-прокурора и буду 11 или 18 дек. снова назначен в кассационный Д-т», — писал Кони М. М. Стасюлевичу.

Кони шел пятьдесят третий год, и, несмотря на вечные жалобы на плохое здоровье, он находился в расцвете сил (недаром Евгений писал ему много лет назад — «скрипучее дерево два века живет»), но предпочел уход.