А. С. Щербаков выступал на страницах журналов «Большевик» (членом редколлегии которого он был), «Московский большевик», «Партийное строительство» и в других органах печати. Его статьи помогали коммунистам ориентироваться в важнейших вопросах политики партии, воспитывали молодежь.

По-новому прозвучало выступление А. С. Щербакова на XVIII съезде ВКП(б). Он выдвинул задачу: добиться резкого перелома в производстве картофеля и овощей, повысить удельный вес подмосковных колхозов и совхозов в снабжении городского населения продовольствием, создать вокруг столицы самое продуктивное сельское хозяйство. Активно поддержал Александр Сергеевич инициативу одного из московских заводов: организовать подсобное хозяйство для снабжения рабочих столовых и детских садов овощами и молочными продуктами.

Восемнадцатый съезд Коммунистической партии избрал товарища А. С. Щербакова членом Центрального Комитета. На первом Пленуме он был избран членом Оргбюро ЦК ВКП(б), в феврале 1941 года — кандидатом в члены Политбюро, а через три месяца одновременно с другими обязанностями — секретарем Центрального Комитета Всесоюзной Коммунистической партии (большевиков). Ему поручается возглавить идеологический участок деятельности ЦК ВКП(б) в то сложное для страны и партии время.

22 июня 1941 года немецкие фашисты, имея в своем тылу почти всю поверженную Европу, вероломно напали на нашу Родину. В годы Отечественной войны с особой силой проявился талант А. С. Щербакова как великолепного организатора.

Под руководством МГК в считанные дни было сформировано и отправлено на фронт 12 ополченческих дивизий. На фронт ушло 400 тысяч квалифицированных рабочих и специалистов и чуть позднее еще 45 тысяч. К началу войны в Московской городской и областной партийных организациях было 330 тысяч коммунистов, в 1942 году их осталось 94,4 тысячи, количество первичных партийных организаций сократилось в два раза. На фронт ушел почти весь партийный актив. Надо было позаботиться о выдвижении и воспитании новых кадров секретарей горкомов, райкомов, первичных организаций, инструкторов партийных органов. И Московский городской и областной комитеты партии под руководством А. С. Щербакова успешно справлялись с этой задачей. В кратчайший срок были перестроены на военный лад промышленность, сельское хозяйство, транспорт.

Еще в июле 1941 года Московский комитет партии создал областной штаб по руководству подпольем и партизанским движением в Московской области. И когда враг вступил на ее территорию, против него развернули — активную борьбу 41 партизанский отряд, 317 специальных боевых групп. В ходе боев они уничтожили 17 тысяч гитлеровских солдат и офицеров, значительное количество боевой техники врага, снабжали военный совет Западного фронта ценной информацией о противнике.