Осенью 1941 года обстановка под Москвой крайне осложнилась. Городской комитет партии собрал 13 октября партийный актив. А. С. Щербаков в своем докладе говорил: «Враг… не останавливаясь ни перед какими трудностями, поставил себе целью до наступления зимы… какой угодно ценой добиться успехов… Нависла опасность над родной Москвой. Перед лицом этой опасности большевики московской организации обязаны сплотиться как никогда, встать стальной стеной, организовать и повести за собой трудящихся — превратить Москву в неприступную крепость… Как бы тяжело нам ни было… мы твердо знаем, мы твердо уверены — победим».

Это был особый день. Коммунисты считали себя мобилизованными и призвали всех трудящихся столицы к оружию. Решили в каждом районе формировать коммунистические роты и батальоны, создавать отряды и группы пулеметчиков, снайперов, истребителей танков и минометов.

Особенно памятно выступление Александра Сергеевича по радио 17 октября, в котором он по поручению ЦК ВКП(б) заверил советский народ в том, что «за Москву воины Красной Армии будут драться упорно, ожесточенно, до последней капли крови».

А. С. Щербаков был одним из организаторов обороны Москвы, без его участия невозможно представить эту эпопею. Москвичи видели его в цехах заводов, на оборонительных рубежах, где он добрым метким словом поддерживал дух работавших, на обучении рабочих батальонов и рот борьбе с танками, на военном совете Московской зоны обороны, на улице, выслушивавшего тружеников Москвы.

При всех постоянных заботах по обеспечению фронта и своего быта Москва еще по заданию Государственного Комитета Обороны строила третью очередь метрополитена. За успешное выполнение этого задания ГКО в условиях военного времени Александр Сергеевич Щербаков был третий раз награжден орденом Ленина.

Все четыре долгих года войны столица самоотверженно трудилась во имя победы. За годы войны только московские предприятия дали фронту 16 тысяч самолетов, 3,5 миллиона автоматов, несколько тысяч танков и самоходных установок, 4 тысячи «катюш» (реактивных минометов), 10 миллионов шинелей. Лишь на строительстве оборонительных сооружений участвовало около полумиллиона москвичей. А каких усилий МГК стоила забота о быте трудящихся, о снабжении их продовольствием, овощами, обеспечении топливом! Только на заготовку топлива было направлено 257 тысяч человек. Ни один вопрос жизни людей не оставался без внимания партийной организации в те трудные годы.

В январе 1943 года Щербаков докладывал Государственному Комитету Обороны, что трудящиеся Москвы и области собрали «на строительство своей армии» 390 миллионов рублей.