Желая смягчить эту мрачную перспективу, Радищев предложил план постепенного освобождения крепостных. Все домашние крепостные должны быть освобождены сразу же, сельскохозяйственные крепостные должны были получить в полную собственность свои земельные наделы, а затем им должно быть позволено использовать заработанные ими деньги для того, чтобы выкупить себе свободу. Кроме того, они должны были жениться, не спрашивая позволения своих хозяев. В суде их должны судить равные им – то есть другие крестьяне.

Екатерина прочитала эту книгу в июне 1790 года и исписала все поля заметками. Она отдала должное интеллектуальным способностям Радищева: «[автор] достаточно образован и прочитал много книг <…> у него богатое воображение, и он бесстрашен в своей работе». Екатерина предположила, что автор получил образование в Лейпциге, «таким образом подозрение падает на господина Радищева более всего, ибо говорят, что он владеет частной типографией у себя дома». Если бы эта книга была написана тридцать или даже двадцать лет назад, Екатерина могла бы узнать в ней свои собственные идеи, теперь же, заняв новую позицию, она заявила, что «цели данной книги видны на каждой странице. Ее автор заражен французским безумием и пытается всеми возможными способами разрушить уважение к власти и вдастьимущим, взбудоражить народное возмущение против власти и правительства». Она отрицала приведенные Радищевым примеры поведения помещиков и положения крепостных и была в ярости от предупреждений по поводу гнева крепостных и неминуемой их мести. Автор, по ее словам, был «смутьяном похуже Пугачева <…> подстрекавшим крепостных к кровавому мятежу». Он призывал не только крестьян, но и остальное население страны к неуважению по отношению ко всем представителям власти от императрицы до местных чиновников. В обличениях правительства Радищевым и в его попытках смешать ужасы бунта Пугачева с новыми «ядами», изобретенными во Франции, она видела попытку пропаганды идей парижских революционеров и дестабилизации России, находившейся в состоянии войны. С этой книгой, как Екатерина написала на полях, «нельзя было мириться».

Радищев был разоблачен, арестован и доставлен в Петропавловскую крепость для допросов. Его не пытали. И все же, зная о том, какие последствия арест мог навлечь на его семью, он начал отрекаться от своих слов. Радищев заявил, что написал книгу из-за тщеславия, что хотел снискать литературной славы. Он старался смягчить свое наказание, признавая, что допустил большие преувеличения и что его обвинения против лиц государства были неточными. Он отрицал любые намерения нападок на правительство Екатерины, а лишь хотел указать на определенные, поправимые недостатки. Он не имел никакого желания поднимать крестьян против помещиков; а лишь хотел заставить плохих помещиков устыдиться своего поведения. Радищев признался, что надеялся на освобождение крепостных, но заявил, что хотел достигнуть этого на основании законов, вроде тех, которые уже предлагались императрицей Екатериной. В конечном счете он отдал себя на милость Екатерины. Его допрашивали в центральном суде Санкт-Петербурга по криминальным делам. Обвинили в подстрекательстве к мятежу и оскорблении Ее Величества и приговорили к смертной казни через обезглавливание. Сенат в порядке надлежащей процедуры одобрил вердикт. Однако в процессе следствия Екатерина передала экземпляр его книги Потемкину, чтобы выслушать его замечания. Несмотря на личные нападки на себя, а также на императрицу, князь попросил о снисхождении. «Я прочитал присланную мне книгу. Не сержусь, – писал он Екатерине. – Кажется, матушка, он и на Вас возводил какой-то поклеп. Верно, и Вы не понегодуете. Ваши деяния – Ваш щит». Мягкий ответ Потемкина успокоил Екатерину, которая поступила, как всегда делала в таких случаях: заменила смертную казнь ссылкой в Сибирь на десять лет.